Tara, je voulais mettre une virgule après la conjonction de subordination parce que je suis parti de la phrase « Je pense qu’il voulait venir », à laquelle j’ai ajouté « en fait » ; pour ne pas « casser » la syntaxe de la phrase, je pensais qu’il fallait rajouter l’adverbe entre virgules (ou alors ne pas en mettre du tout, comme la première phrase proposée par Prince), bien qu’il fasse partie de la subordonnée.
Entre-temps, j’ai d’ailleurs trouvé cette explication (https://www.btb.termiumplus.gc.ca/redac-chap?lang=fra&lettr=chapsect6&info0=6.1) :

6.1.10 Élision

Lorsqu’un groupe de mots normalement encadré de virgules fait l’objet d’une élision, on peut soit garder uniquement la deuxième virgule, soit supprimer les deux virgules. Trois possibilités sont donc acceptables :

• • J’estime que, en hiver, il faut absolument aller dans le Sud.

• • J’estime qu’en hiver, il faut absolument aller dans le Sud.

• • J’estime qu’en hiver il faut absolument aller dans le Sud.

Il semble donc que vous ayez raison et que l’on puisse écrire « Je pense qu’en fait, il voulait venir », mais que, toujours d’après ce site, ce soit simplement par souci d’élision que la virgule saute.
On n’appliquerait donc pas cette règle à une phrase comme « Je pense que, d’habitude, il voulait venir. »

Néanmoins, le deuxième cas que j’ai présenté n’a toujours pas de réponse claire.
D’après moi, joelle, comme la conjonction de coordination apporte un aspect (ajout, opposition, cause, conséquence…) à la proposition qui la suit, on ne devrait pas l’en séparer syntaxiquement. Or je crois que, pour ne pas séparer deux éléments de la phrase tout en en ajoutant un autre entre eux, il faut encadrer ce dernier de virgules (comme je viens de le faire avec mon complément circonstanciel de but).
Voilà ma vision de la question. Cependant, je n’ai pas grand-chose pour l’appuyer, si ce n’est ma propre logique, en laquelle je ne crois pas absolument ; c’est pourquoi j’aimerais, si vous en connaissez, que vous me recommandiez des livres ou des ressources sur la ponctuation française. Je vous en serais très reconnaissant.
Merci d’avance, et merci pour vos réponses.

L’exemple n’avait pas pour but d’être cohérent ou bien construit, mais plutôt d’illustrer simplement ma question. Ne cherchez pas d’intérêt à ce point-virgule, la phrase même n’en a aucun.
Et d’après la source qu’a donnée joelle, on peut utiliser un point-virgule – et même deux points – après un tiret. Je ne sais pas si ladite source est fiable, mais elle m’a paru l’être, et je l’ai déjà utilisée maintes fois sans qu’elle contredise quelque règle connue de la langue française.

Merci beaucoup pour votre réponse rapide ! ^^