Je n’ai rien lu de cet auteur.
Cependant, son style est salué comme original et maîtrisé. Je suis bien sûre qu’il ne s’agit pas d’une erreur lorsqu’elle met des indications entre parenthèses.
Voyez-vous, il y a des règles pour écrire, mais ceux qui maîtrisent la langue peuvent les transgresser. Et ce n’est alors jamais par hasard. Il s’agit de créer un effet, de trouver une forme capable de coller à une pensée, à une expérience…
En attendant cette maîtrise, il faut d’abord intégrer les règles : sinon, en général, on n’est plus dans la création mais dans l’à peu près, voire dans l’erreur.

1. Alors seulement, il aperçut, très haut à la verticale, un troisième rapace.
Oui, la virgule se justifie par la place du groupe « alors seulement » parce qu’il a été déplacé. Elle est ici recommandée.
Comparez avec : 2.Il aperçut seulement alors, très haut à la verticale, un troisième rapace.

Attention : la virgule après « alors » (Ph. 2) n’est là que parce que l’incise « très haut à la verticale » est mise entre virgules. Si on enlève l’incise : 3.Il aperçut seulement alors un troisième rapace.
Mais on est libre d’utiliser la virgule pour une mise en relief, dans cette phrase (Ph.3) aussi et pour la phrase 1 on pourrait choisir :
4. Alors, seulement, il aperçut, très haut à la verticale, un troisième rapace. (virgule après « alors »)
Ce serait une façon, en obligeant le lecteur à des pauses, de créer une attente , et donc un suspens. La virgule est souvent utilisée dans ce but.

Merci Prince, d’avoir rectifié. Je suis allée un peu vite : il peut être aussi attribut. Je corrige dans mon message précédent.

Vos deux phrases sont correctes.
Le complément circonstanciel n’est pas toujours construit avec une préposition.
La préposition « pendant » est souvent omise : On skie l »hiver – il sort la nuit – il a vécu ici un an …

Les élèves étaient fiers des commentaires que l’écrivain leur avait écrits au sujet de leurs rédactions.
Cette phrase est une phrase complexe (composée de deux propositions dont une subordonnée – je souligne la proposition subordonnée relative)

Cette phrase peut se décomposer ainsi (si on enlève la subordination) :
1.Les élèves étaient fiers des commentaires
2.L’écrivain leur avait écrit des commentaires au sujet de leurs rédactions
Dans la 2, » commentaires » est COD

Dans la phrase :
Les élèves étaient fiers des commentaires que l’écrivain leur avait écrits au sujet de leurs rédactions.
« que » est un pronom relatif qui sert à la fois à relier les propositions (il subordonne la 2 à la 1) et à remplacer le mot « commentaires » de la 2.
Le mot qu’il remplace est COD. En remplaçant ce mot, « que » prend sa fonction, il est COD. 

Parce que, LeDonk, il n’y a pas besoin de l’accent pour rendre le son[ɛ]   :
On a  : sel – bel-   cet –   gel – net …
Alors que, sans accent sur le premier « e »,  telé se lirait : [tøle] comme « pelé »

J’ai lu tout cela avec grand intérêt  et je vous remercie, Prince.

Je dirai deux choses : le singulier me paraît plus clair dans la phrase de Peabody, le pluriel inutile.

Comme vous, je regrette que les votes soient anonymes. Je ne comprends pas toujours la raison de certains votes négatifs. Il serait bon qu’ils soient argumentés (ce qui relève à mon sens, de la simple courtoisie mais aussi d’une démarche pédagogique). Mais il se peut que je n’aie pas saisi certaines règles ici suivies.
En espérant que ce message ne reçoive pas, encore, un vote négatif.

« Aux balbutiements de la technique spatiale faisaient écho des gouffres d’ignorance humaine. »

Le sujet, inversé, est :  « des gouffres d’ignorance humaine »
Phrase avant inversion du sujet :
Des gouffres d’ignorance humaine faisaient écho aux balbutiements de la technique spatiale  .

Il me semble ! A part peut-être dans le cas de jumeaux…
Je suppose que votre lectrice opte pour le pluriel parce qu’elle considère que même si chaque famille n’a qu’un second fils, on peut faire un ensemble comportant le second fils de chacune des familles. 

L’Académie française :
L’usage des meilleurs auteurs hésite entre le singulier et le pluriel (pour le nom et pour le possessif) lorsqu’un nom désigne une réalité dont plusieurs « possesseurs » possèdent chacun un exemplaire : on considère tantôt l’exemplaire de chacun, tantôt l’ensemble des exemplaires. Ainsi : « Mes compagnons, ôtant leur chapeau goudronné […] » (Chateaubriand) ; « Les deux lords […] ôtèrent leurs chapeaux » (Hugo) ; « trois avaient déjà retrouvé leur femme » (Chamson) ; « deux de mes amis et leurs femmes » (Arland).

Plutôt que d’essayer d’appliquer des règles, Kramnik, mieux vaut s’appuyer sur le sens.
Nous avons deux mots bien distincts : « quand » et « quant ».

Quand est une conjonction de subordination qui marque le temps. Elle sert à lier une proposition à une autre, la faisant complément circonstanciel de temps.
Quand il entra, tout le monde se tut. : la proposition soulignée est complément circonstanciel de temps du verbe de la principale (non soulignée) « se tut.

Quant n’existe pas seul. Il est accompagné de à : « quant à » : c’est une locution prépositionnelle dont l e sens est : « en ce qui concerne », « pour ce qui est de ».
« Quant à » introduit un nom ou un groupe nominal ou un pronom.
Tout le monde peut sortir; quant à la petite fille, elle reste avec moi.
Ils sont tous déçus; quant à moi, je suis folle de joie.

Il peut arriver que « quand » soit suivi de à. Voici :
Quand, à son retour, on lui apprit la nouvelle, il fut stupéfait.
(la virgule après « quand » peut être omise : « quand à son retour… »)
Dans ce cas, on peut déplacer le groupe « à son retour » :  Quand on lui apprit la nouvelle à son retour, il fut stupéfait.

Mais cela ne change rien à la nature de « quand », qui introduit une proposition .
On voit bien que « quand » peut être dissocié de « à ».
Alors que « quant » et « à » ne peuvent être séparés.