Si vous connaissez la règle du participe passé et que vous ayez quand même des difficultés avec les accords, c’est sans doute que vous repérez mal les éléments de la phrase.

Quelles méthodes ont-ils utilisées pour recenser les données dans la littérature ?
L’auxiliaire est AVOIR – le COD est « méthodes » féminin pluriel – il est placé AVANT (à gauche) —> accord du PP avec ce mot
Sous quels formats ont-ils présenté les données aux décideurs ?
Comment les décideurs ont-ils utilisé les connaissances ?
Auxiliaire AVOIR – COD : connaissances – il est placé APRÈS —>   pas d’accord du PP

La roue a encore tourné entre Guingamp et Brest
Auxiliaire AVOIR – pas de COD —> aucun accord.
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Rappels :
– Lorsque le PP est accompagné de AVOIR, seul compte le COD. Le sujet n’a aucune incidence sur l’accord.

– Le complément d’objet direct s’appelle ainsi parce qu’il complète le verbe + l’action du verbe porte sur lui (objet) + parce il n’est introduit par aucune préposition auprès du verbe (construit directement.

Les autres compléments de vos phrases :
Pour recenser les données… : complément circonstanciel de but (pour quoi faire ?) introduit par la préposition « pour ».
Sous quels formats : complément circonstanciel de manière (comment ?) introduit par la préposition « sous ».
Entre Guingamp  et Brest : complément circonstanciel de lieu (où ?) introduit par la préposition « entre ».

Certain est un adjectif et il s’accorde comme tous les adjectifs avec le nom qu’il accompagne.
J’ai acheté un important nombre de livres.
J’ai acheté un grand nombre de livres.
J’ai acheté un certain nombre de livres.
Dans ces trois cas « un nombre » est accompagné d’un adjectif différent : important, grand et certain : il se sont tous accordé avec « nombre » qui ici est masculin singulier.

Mais on peut trouver le nom « nombre » au pluriel et l’adjectif s’accorde avec lui :
J’écris quelques nombres sur la page.
J’écris de petits nombres sur la page.
J’écris certains nombres sur la page.

Remarque : ce qui vous trouble un peu c’est le sens du mot « nombre » qui a deux sens distincts :
– le sens approximatif de « chiffre »
– le sens de « quantité » qui en effet est toujours au singulier

Voici :
Ce fut la perspective la plus réjouissante qu’il m’eût été donné.

Dans cette phrase le verbe est à un temps composé qui utilise l’auxiliaire être, le COD (le pronom « que »)n’a donc rien à voir avec l’accord du participe passé,.
C’est le sujet qu’il faut chercher pour l’accord. Or le sujet est le pronom impersonnel « il ». Impersonnel, donc neutre, et le neutre se rend en français par le masculin singulier.

Mais si vous écrivez :
Ce fut la perspective la plus réjouissante qui m’eût été donnée.
Cela change tout!
Pourquoi ?
Cette fois-ci, le sujet du verbe conjugué avec l’auxiliaire « être » est le pronom « qui », et ce pronom reprend le nom « perspective », féminin singulier, il est donc lui aussi féminin singulier. On fait l’accord avec ce sujet.

Sembler + substantif est possible Sinitsa :
Deux exemple du TLF :
Peinture de Teniers, qui semble une aquarelle (Goncourt)
Le cliquetis du présentez-armes a retenti si brusquement qu’il m’a semblé une détente de piège (Vercel),
En ce cas le nom (en gras) est attribut (ici : attribut du sujet).

Les verbes « sembler » et « ressembler » ont des sens différents.
Sembler : avoir telle ou telle apparence aux yeux de quelqu’un.
Ressembler : présenter des traits communs avec quelqu’un/quelque chose

Votre phrase : cette pièce  semble une cellule est parfaitement correcte. Cette pièce a l’apparence d’une cellule et elle est d’ailleurs peut-être une cellule.
Elle a un sens différent de : cette pièce ressemble à une cellule :  cette pièce a des points communs avec une cellule. A priori elle n’en est pas une.

Les classes grammaticales (natures des mots) ne sont pas « étanches ».
Un verbe à infinitif peut devenir un nom : un coucher de soleil.
Un verbe au  participe passé peut devenir un nom : un employé, ou un adjectif : une boisson glacée.
Certains noms ont donné des adjectifs : (une) rose a donné l »adjectif « rose » : elle avait les joues roses.
Un adjectif peut être parfois adverbe : il parle fort.
Un adverbe peut être employé comme un adjectif  (mais il reste invariable) : des gens bien.
Et n’importe quel mot, si on le précède d’un déterminant, devient nom :
Un adverbe par exemple (il reste invariable) : demain est un autre jour.  On voit bien les pourquoi et les comment.

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Il faut donc bien avoir en tête quelles sont les fonctions (c’est à dire le rôle dans la phrase) possibles de chaque classe grammaticale de mots.

Le nom peut être : sujet, complément, attribut
L’adjectif épithète, attribut
l’adverbe complète un verbe, modifie un adjectif ou un autre adverbe
Le verbe exprime un processus dont il porte notamment le temps, l’aspect et le mode
etc. (pronoms, conjonctions, prépositions)

La phrase est de forme passive, mais non achevée. Le complément d’agent est absent. D’où sans doute, votre hésitation.

« Alors » peut avoir un sens temporel ou un sens logique. Ce n’est parfois que le contexte qui permet de le savoir.
Il convient parfois d’utiliser la virgule pour clarifier le sens.

Pourquoi, alors, tu l’as fait ? / Alors, pourquoi tu l’as fait ?  Pourquoi tu l’as fait, alors ? le sens est logique :  pourquoi, donc, l’as-tu fait ? Donc, pourquoi l’as-tu fait ?

Pourquoi tu l’as fait alors ? le sens est temporel : pourquoi tu  l’as fait à ce moment-là ?

Pourquoi tu l’as alors fait ?  n’est pas clair du tout et ne se dirait pas.

L’un ou l’autre. Le « ne » explétif, qui n’est pas une négation mais une « coquetterie », est facultatif. (A ne jamais utiliser dans une phrase négative).

Dans ces groupes nominaux, « de »  n’a pas forcément  le même sens :
– Il introduit un complément déterminatif dans :
Des costumes de princesse = des costumes comme en aurait une princesse
Des costumes de chevalier = des costumes comme en porterait un chevalier
Elles portaient des habits de princesse – il avait plusieurs capes de sorcier
On choisira  dans ce cas le singulier généralisant pour le complément du nom.

  – Il indique la possession, l’appartenance :
Des uniformes de militaires  – des habits de paysans : a priori il s’agit d’uniformes appartenant à de militaires, d’habits appartenant à des paysans. Le pluriel du complément du nom est de rigueur.

Cependant, si le contexte est un bal déguisé par exemple, on peut écrire : certaines personnes portaient des uniformes de militaire, des habits de paysan parce qu’alors, « militaire » et « paysan » déterminent le type de vêtements.

Je veux parler avec la fille qu’on adore tous
Vous remarquerez que « fille » est précédé de l’article défini « la ».  Ce déterminant indique que cette fille existe justement, et surtout qu’on n’a plus besoin de la chercher. Du coup, seul l’indicatif est possible.

Avec un article indéfini, le subjonctif est possible dans la relative quand le verbe de la principale est un verbe de besoin ou de recherche comme c’est le cas ici :
Je veux parler avec une fille qui soit gentille/qu’on puisse interroger/ dont on puisse connaître les réactions
(Peu importe quel soit le pronom relatif)

L’intensité du besoin et de la recherche peut aussi être atténuée au moyen du conditionnel :
Je veux parler avec une fille qui serait gentille/ qu’on pourrait interroger/dont on connaîtrait les réactions

Mais on peut avoir aussi  l’indicatif:
Je veux parler avec une fille qui est gentille/ qu’on peut interroger/dont on connaît les réactions

Le choix du mode de la relative, dans ce cas-là, est fonction de la subjectivité de celui qui cherche : considère-t-il l’objet de sa recherche comme existant ? se focalise-t-il sur son besoin plus ou moins intensément ?