Le mot doute peut être employé au pluriel si on envisage plusieurs doutes (des doutes portant sur différents points) en ce cas « tant » indique un grand nombre ; il est adverbe de quantité
ou au singulier, s’il ne s’agit que d’un doute, ou du doute en général, et « tant »est alors adverbe d’intensité.

La différence avec chose, c’est que doute est abstrait et que son singulier peut être générique et porter la marque de l’intensité (avec tant). Tant ne peut être qu’adverbe de quantité devant chose (qui est concret)

On peut aussi considérer le conditionnel ici comme une modalité de politesse (atténuation).

En effet, l’emploi de « serré » est parfois adverbial .
La Vitrine linguistique :
L’adjectif serré s’accorde en genre et en nombre avec le nom qu’il qualifie. Lorsqu’il est en emploi adverbial, il demeure invariable. Dans des contextes bien précis, serré peut être considéré à la fois comme un adjectif ou comme un adverbe. L’accord se fera alors selon l’analyse de la phrase.
[…]
Dans ces emplois, serré peut signifier entre autres « avec rigueur », « avec concision » ou « avec prudence ».
[…]
Je n’arrive pas à la lire parce qu’elle écrit trop serré.

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Il prend ses poignets et les attache bien serré : ici, je pencherais pour l’emploi adverbial en considérant que, ce qui est serré, ce ne sont pas les poignets mais l’attache, la façon dont il les attache.
On peut cependant considérer qu’ainsi attachés les poignets sont très serrés.

Parmi les actions qu’elle a prévu de mettre en place.
En effet le COD n’est pas « que » (dont l’antécédent est « actions ») mais bien « de mettre en place ».
En fait elle n’a pas prévu les actions.

Contrairement à la phrase ci-dessous :
Les actions qu’elle a prévues se sont révélées efficaces.

Il n’y a pas de question dans une question. Il y a une question qui porte sur une déclaration

On peut dire  que les sciences ont toujours eu sa préférence : déclaration affirmative
On ne peut pas dire que les sciences ont toujours eu sa préférence : déclaration négative
Peut-on dire que les sciences ont toujours eu sa préférence ? : interrogative
>> la forme interrogative porte sur la principale (soulignée) et non sur la subordonnée : le mot subordonnant ne change pas obligatoirement.

MAIS : si est possible également avec la forme interrogative et avec la forme négative  de la principale introductive PARCE QUE  cette principale introductrice montre alors l’ignorance quant à la réalité ou la véracité des paroles rapportées.
Comparez :
1Je sais qu’il aime les sciences
2je ne sais pas qu’il aime les sciences
3je ne sais pas s’il aime les sciences
 Les phrases 2 et 3 n’ont pas le même sens

Vous pouvez donc écrire soit :
On peut dire  que les sciences ont toujours eu sa préférence

soit :
On ne peut pas dire si les sciences ont toujours eu sa préférence : déclaration négative
Peut-on dire si les sciences ont toujours eu sa préférence ? : interrogative

à vous de saisir la nuance avec cette phrase.
Elle est infime mais elle existe et est plutôt du mode du modal : plus ou moins d’incertitude.
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Voir le TLF à l’article « si » :
Si, introducteur d’une interrogative. indirecte, signifie l’incapacité où est le locuteur d’attribuer à cette proposition. la valeur « vrai » ou la valeur « faux »]

Que est le COD de dire. Il est placé avant le verbe. L’accord se fait avec lui : masculin pluriel.

– Le complément d’objet fait partie du prédicat, c’est à dire de ce qui est dit en premier qu’il soit direct (sans préposition) ou indirect (avec préposition).
Le complément d’objet direct :
« je mange » seul est possible, mais il y a toujours un objet, qu’il soit ou non exprimé.
Le complément d’objet indirect :
« Je parle » peut fonctionner seul mais de la même façon, il y a toujours un objet :  « je parle à quelqu’un » ou alors on précise ; je ne parle à personne (et là encore apparaît l’objet « personne » précédé d’une préposition. Je donne … quelque chose … à quelqu’un  (COD + COI)
Le complément d’attribution est une forme du complément d’objet indirect. On le trouve derrière les verbes dont le sens attribue ou retire quelque chose.
Le complément circonstanciel est un mot (ou groupe de mots) qui « complète » l’action exprimée par le verbe du point de vue des circonstances (le lieu, le temps, la mesure, la matière, etc.). Le complément circonstanciel est la plupart du temps introduit par une préposition.
Les circonstances indiquées par les compléments : temps,  lieu, manière,  moyen,  cause,  conséquence, but, accompagnement,  comparaison, opposition,  concession, condition.

Les compléments circonstanciels se déplacent  dans la phrase sans changement de sens :  avec mes amis, je sors tous les samedi – le soir, je sors/je sors le soir – à cause de la pluie le match est annulé/le match est annulé à cause de la pluie – etc.
Les compléments d’objet direct  ne se déplacent pas  : je mange une pomme / je porte une valise/ j’ouvre la porte
Les compléments d’objet indirect ne se déplacent pas sauf pour exclure un autre complément  : à mes amis, je parle  (et non aux autres)- pour mes amis, j’achète un cadeau (et non à ceux que je ne connais pas).

Remarque : au lieu d’enlever des points, demandez des explications complémentaires. C’est plus productif il me semble.

Je parle à mes amis
Je parle avec mes amis
Je sors avec mes amis
J’achète un cadeau pour un ami

On peut  dire qu’ils sont tous des compléments indirects.
– Le 1 et le 2 sont des compléments d’objet indirect
– Le 3 est un complément circonstanciel d’accompagnement
– Le 4 est un complément d’attribution.

Il avait déjà obtenu bien plus qu’il n’avait osé espérer
Il avait déjà obtenu bien plus qu’il n’eût osé espérer/n’aurait osé espérer
Le choix est à faire entre l’indicatif :avait osé, et le conditionnel passé 2e forme  eût osé. En effet ici, eût osé (qui est selon la forme un subjonctif), est, pour le sens un conditionnel et a pris la place de aurait osé.

La différence de sens :
L’indicatif marque le réel  : il n’avait en réalité, pas osé espérer autant.
L’indicatif marque l’irréel : il n’aurait pas osé espérer autant (par exemple : si tant est qu’il y ait pensé).
En fait, la nuance souligne, avec le conditionnel, le décalage entre le fait de la principale : il avait obtenu, et le fait de la subordonnée : l’attente du sujet

Il faut d’abord déterminer la nature de ses mots, parce que les mots ont des fonctions possibles selon leur nature.
« Mangé » et « coupé » sont des participes passés des verbes « manger » et « couper ».
J’ai mangé des cerises.
Le verbe est conjugué au passé composé : on a là une forme verbale parmi d’autres formes que prend le verbe : . Certaines de ces formes sont simples : mange – mangerait – etc. , d’autres sont composées : avaient mangé – eut mangé – eurent mangé – etc.
Les formes composées présentent un auxiliaire conjugué + un participe passé.
La fonction d’un verbe conjugué est de rassembler autour de lui un ensemble de mots qui lui sont sujets ou compléments, d’être le noyai d’une proposition.

Les arbres coupés sont couchés.
Le participe passé, qui est la forme non conjuguée du verbe (il ne porte en terminaison ni la marque de la personne ni la marque du temps) peut être employé comme un adjectif. On le voit bien si on  procède à une substitution en remplaçant « coupés » par un adjectif :
Les vieux arbres sont couchés – les arbres immenses sont couchés
(remarque : la place de l’adjectif est indifférent : certains se placent avant le nom, les autres après. )
La fonction de ce participe passé est donc épithète du nom « arbres ».

En réponse à votre dernière question :
Dans la phrase : les arbres coupés sont couchés , le participe passé « coupés »  ne peut en aucun cas, pas plus qu’un adjectif, être le noyau d’une proposition. Le participe passé appartient ici au groupe nominal  les arbres coupés, dont arbre « est » le noyau.
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Le participe passé peut être noyau d’une proposition, mais en ce cas il ne tient pas le rôle d’un adjectif, mais d’un verbe conjugué.
Exemple : Les portes s’ouvrant, les clients se précipitent dans le magasin = les portes s’étant ouvertes/quand les portes s’ouvrent, les client se précipitent  dans le magasin.