Accordez ou n’accordez pas, c’est comme vous le souhaitez.
— Quand je l’ai rendue triste, je ne l’ai pas rendue.
— Quand elle s’est dite fière, elle ne s’est pas dite.
— Quand je l’ai sue enceinte, je ne l’ai pas sue.
— Quand on a reconnu cette tournure être fautive, l’a-t-on reconnue ? non, on a reconnu qu’elle était…
Donc tous ces accords sont illogiques, le COD étant en réalité une sorte de proposition constituée d’un agent, d’un verbe ‘être’ exprimé ou non, et d’un attribut. Le plus logique est de ne pas faire ces accords. Voyez une réponse plus développée sous votre question suivante.

L’accord ou non est à votre choix, dans la séquence « COD + participe passé + adjectif appliqué au COD », quand le COD et l’adjectif forment un tout, quand l’attribut est obligatoire.

Parfois, l’accord est évident :
— On l’a retrouvée morte = On l’a retrouvée, et elle était morte.

Mais parfois le vrai COD est en fait une proposition, l’ensemble COD+attribut.
— Je l’ai cru(e) morte =/= Je l’ai crue, et elle était morte.
— Je l’ai cru(e) morte = J’ai cru qu’elle était morte.
Il est artificiel de considérer que le pronom antéposé constitue à lui seul le COD.

C’est ainsi qu’on trouve :
— Le commerce l’a rendu puissante. (Vaugelas, et c’est justement ce grammairien qui a formalisé la règle, règle qu’il ne souhaitait pas qu’on applique dans ce cas)
— Cette explication, Pierre l’a trouvée (ou trouvé) étrange. (exemple de l’Office québécois de la langue française)
— Ces sons du cor que jamais je n’ai trouvé tristes. (Mauriac)

Vous avez donc le choix dans votre exemple :
— des habitants que vous avez trouvé(s) bien étranges
L’accord mécanique est de plus en plus fréquent.
Mais l’analyse commande de ne pas voir dans le pronom « que » mis pour « des habitants » un COD. « Qu’avez-vous trouvé ? Des habitants. J’ai trouvé des habitants. » Est-ce correct ? Non. Donc il est préférable de raisonner autrement, d’admettre que sémantiquement, le COD de « vous avez trouvé » est « que des habitants étaient très étranges ». Et dans ce cas, on n’accorde pas davantage que si on on avait écrit « des habitants que j’ai su depuis être des gens bien étranges ».
Quelqu’un qui ne comprend rien, on peut lui dire d’accorder tout le temps. Mais si vous avez hésité à accorder, c’est certainement parce que vous aviez en tête l’idée que « des habitants que » n’est pas vraiment le COD de « trouver ». Je vous confirme que ce raisonnement est possible et que si c’est le vôtre, alors vous ne devez pas accorder.

1/
Dans un récit, on utilise des adverbes de temps anaphoriques et non déictiques (la veille et non hier ; le matin et non ce matin ; ce jour-là et non aujourd’hui…).
Déictique : Nous sommes mardi. Paul est parti hier et il reviendra demain
Anaphorique : C’était un mardi. Paul était parti la veille et il reviendrait le lendemain
La notion de concordance des temps (consistant dans l’exemple ci-dessus à utiliser « était parti » pour exprimer un passé dans le passé, ou « reviendrait » pour exprimer un futur dans le passé) n’a de sens qu’en contexte anaphorique, comme vous le voyez.
Donc on ne peut examiner la justesse des temps dans votre phrase que si vous remplacez les premiers mots « depuis ce matin » par « depuis le matin ».
Votre question n’aurait sinon aucun sens.
Les autres adverbes de la phrase, indications de temps, de répétition, de durée, de fréquence… me paraissent pouvoir être intégrés à des contextes tant anaphoriques que déictiques, avec malgré tout un cas particulier pour l’adverbe « habituellement » qui ici ne s’inscrit pas dans le moment spécifique du récit.

2/
Il est nécessaire que cette longue phrase dont le verbe principal est au plus-que-parfait s’intègre dans un paragraphe au passé contenant une phrase plus centrale, par rapport à laquelle la première se situe, car elle n’a pas de sens prise isolément. Exemple :
— Depuis le matin il avait plu sans interruption. Mais le soleil semblait vouloir apparaître. Paul se leva.
Dans votre phrase, pour vous autoriser à dire que les nuages avaient défilé, il faut impérativement dire aussi que les nuages ne défilaient plus, ou le sous-entendre, ou assumer d’écrire au plus-que-parfait sans raison, juste parce que ça fait joli. Mais globalement, une phrase isolée au plus-que-parfait n’a pas de sens. Il ne faut pas croire que le plus-que-parfait est un temps exprimant le contexte, ou un point de départ lointain, ou un fait qui perdure, ou une habitude dans le passé, ou que sais-je encore… Toutes ces utilisations, très fréquentes dans les livres modernes, sont fautives.
Si vous êtes comme moi convaincu que la simple phrase isolée « j’avais lu ce livre » n’a pas de sens, mais que vous avez cependant choisi le plus-que-parfait dans le cadre d’une articulation très réfléchie des temps des verbes dans un paragraphe, alors sautez deux lignes. Sinon il faut écrire votre paragraphe simplement à l’imparfait :
— Depuis le matin il pleuvait sans interruption. Paul se leva.
Peut-être dans votre texte y a-t-il effectivement une phrase à l’imparfait à suivre, exprimant que « c’est bon maintenant il fait beau », et alors on est d’accord.
Peut-être estimez-vous que les apparitions du soleil à l’imparfait que vous évoquez dans la subordonnée d’une principale au plus-que-parfait (alors qu’on attendrait l’inverse, c’est-à-dire qu’une subordonnée au plus-que parfait dépendît d’une principale à l’imparfait) vous autorise à invoquer une concordance des temps admissible. Pour moi c’est non. Si vous le faites quand même, expliquez pourquoi, parlez-nous de votre approche de la phrase, comme un auteur pourrait le faire, et nous appellerons cela une figure de style. Mais pour moi non.

J’estime que le plus important de ma réponse, c’est les deux points ci-dessus. Le reste n’est que technique.

3/
Pour ce qui est de la concordance des temps dans une subordonnée en contexte de récit (concordances anaphoriques), ce qui existe principalement au passé, alors il faut savoir que les concordances sont uniquement relatives au verbe de la principale.
Dès qu’on est dans un récit au passé, il n’importe aucunement que la principale soit au passé simple, à l’imparfait, au plus-que-parfait… car les seuls concepts à prendre en compte sont l’antériorité, la simultanéité et la postériorité.
— Depuis le matin, les nuages blancs ourlés de gris avaient défilé en lentes processions, laissant échapper par intermittence de courtes averses avant que le soleil, qui semblait s’ébrouer en réapparaissant, ne dispense à nouveau pour un moment la douceur caressante qu’il réserve habituellement au printemps.
— Depuis le matin, les nuages blancs ourlés de gris défilaient en lentes processions, laissant échapper par intermittence de courtes averses avant que le soleil, qui semblait s’ébrouer en réapparaissant, ne dispense à nouveau pour un moment la douceur caressante qu’il réserve habituellement au printemps.
Qu’importe que l’auteur ait choisi une principale au plus-que parfait ou à l’imparfait, tous les temps des verbes subordonnés sont relatifs au temps du verbe de la principale et donc identiques.

4/
Verbe par verbe.
4a/ — les deux participes présents et les deux infinitifs sont corrects, indifférents au contexte
4b/ — le soleil semblait : concordance de simultanéité (cet imparfait est un présent dans le passé)
4c / — avant que le soleil dispense : correct si on fait abstraction qu’il y a un ou deux siècles on aurait utilisé l’imparfait du subjonctif (avant que le soleil dispensât) ; on peut même conseiller de renoncer totalement à l’imparfait du subjonctif dans un texte actuel, mais cela peut évidemment dépendre par exemple du texte original que vous traduisez, ou de tel ou tel public de tarés visé par telle ou telle maison d’édition.
4d/ — il réserve habituellement : « J’aimais en ces temps lointains cette saison où la nature renaît ou renaissait «  en parlant du printemps ? C’est une question classique. Peut-on utiliser un présent de vérité générale dans un texte carrément dé*** cté du présent ? A priori non, sous peine d’introduire dans le récit soit l’auteur soit le lecteur soit le temps de l’éditeur. Et donc en vérité oui, car tous les textes sont présentés, sont dits, lus, entendus, par des vivants. Une majorité des textes acceptent finalement le temps du présent intemporel, le présent qui ne s’accorde pas. Si votre question portait sur cette difficulté, n’hésitez pas à la formaliser et à la reposer avec un contexte explicite.

Le port c’est d’abord le bassin. Les bateaux sont dans le port.
Il y a ensuite des sens métonymiques :
— Les quais d’un port. Les mareyeurs attendaient sur le port. On se balade sur le port en guettant les bateaux.
— Une ville, ou la partie d’une ville, qui possède un port. Je vis dans un petit port de pêche. On se balade dans le port en explorant ses ruelles.
Les deux prépositions introduisent donc chacune un sens différent.

Oui, en plus d’être un adjectif indéfini servant de déterminant, généralement au singulier (aucune entreprise, parmi les cinq, n’apparaît dans l’annuaire), ce mot est également un pronom indéfini, toujours au singulier, suivi d’un complément partitif (aucune des cinq entreprises n’apparaît dans l’annuaire). Dans les deux constructions (déterminant + nom, ou pronom + complément), le verbe se conjugue au singulier.

Quand en titre vous écrivez « est ce que cette phrase [est] correcte? », sous-entendez-vous que « les causes inventoriées ne sont pas classifiées selon le degré d’impact sur la problématique » soit vraiment une phrase ? Alors non, ce n’est pas une phrase sémantiquement parlant. Tout juste syntaxiquement. Vous êtes de la génération Blanquer ? Vous voulez une aide psychologique ?
Et pourtant vous n’êtes vraiment pas très loin de la phrase : il suffirait que « la problématique » soit déterminée (article démonstratif, relative déterminative à suivre…) et vous auriez une phrase correcte tant syntaxiquement que sémantiquement.
Mais là non.

Syntaxiquement, un complément de l’adjectif, ça existe : bête à manger du foin, fort comme un Turc… La page du Robert sur le sujet liste de nombreuses constructions : https://dictionnaire.lerobert.com/guide/complement-de-l-adjectif
Le fait que l’adjectif (éclatante, touchante) soit issu d’un participe présent ne change rien.
— Puis elle parut, éclatante de blancheur, dans le ciel vide qu’elle éclairait — Flaubert
— Cette actrice est touchante de beauté et de simplicité. — Fifi
Tout juste peut-on si on le souhaite s’interroger sur le rôle formel de la préposition « de ». Sémantiquement, je pense qu’il faut chercher dans le mot « de » une raison, une cause, voire un ‘agent’ : éclatante par sa blancheur, touchante par sa beauté, touchante par sa simplicité… La question de « comment qualifier le rapport entre l’adjectif et son complément introduit par la préposition de » est une question qu’on peut creuser, mais l’évidence est que de toute façon votre construction est correcte, assez courante, et à mon avis assez élégante.
Ce qui est évident avec un adjectif issu d’un participe passé (armé d’une épée, vêtu d’une chemise, pris de boisson), où la notion d’agent est très nette, l’est moins avec un adjectif issu d’un participe présent (extravagant d’imagination, énervant de bêtise, touchant de simplicité). Je pense que la notion d’agent existe encore mais qu’il n’agit pas sur la même personne. Exemple très simplifié : énervant de bêtise = sa bêtise nous énerve ; énervé de bêtise = sa bêtise l’énerve.
La plus grande prévalence des adjectifs issus d’un participe passé que d’un participe présent peut parfois faire douter du sens du complément de l’adjectif (touché par, touchant de, touchant de par…), mais cependant sans qu’aucune raison grammaticale décisive n’interdise aucune expression courante.
Donc bref, oui, votre complément de l’adjectif est parfait.

La formulation « je reviens vers vous », qui utilise quatre mots très simples ayant tous un sens très simple, est évidemment tout à fait correcte.
Mais elle n’est pas pronominalisable en « je vous reviens ». « Je vous reviens » signifierait « je reviens à vous ». Car le pronom datif « vous » (qu’on peut souvent appeler COI) peut être mis pour « à vous » mais ne peut pas être mis pour « vers vous ». Vous pourrez éventuellement trouver une phrase où « je reviens à vous », « je reviens à Pierre »… aura un sens, et où on pourra donc dire « je vous reviens », « je lui reviens ». Mais certainement pas dans la conversation courante, ni dans la correspondance ordinaire.

J’ai googlisé cette expression « je reviens vers vous », et tout ce qu’on lui reproche est qu’elle ne décrit pas un vrai mouvement physique.
— Elle n’a pas de sens puisque en réalité, personne ne se déplace (doctissimo.fr)
— L’expression « Je reviens vers vous », employée en lieu et place de « Je reprends contact avec vous » est incorrecte (academie-française.fr)
— Pour Le Figaro, l’expression est, tenez-vous bien, « condamnable« , je vous fais grâce de leurs explications ineptes.
Faut-il avoir un bête connaissance de la langue française pour croire que « revenir » est un mouvement physique tandis que « prendre contact » est une abstraction…

« Revenir vers quelqu’un », ce n’est certainement pas une expression incorrecte, mais c’est au contraire une belle image, une entrée en matière directe et forte, une démarche qui implique profondément celui qui écrit et respecte fortement son correspondant.
— Mes chers parents, je viens par cette lettre vous informer du terrible malheur qui…
— Cher Émile, je reviens vers vous après cette longue attente pour vous confirmer que…
— Monsieur, je reviens vers vous afin de vous communiquer en pièce jointe la décision du juge des…
Il n’y a ici aucune incorrection, aucun anglicisme hasardeux comme le prétend le site de l’AF regorgeant d’erreurs.
Que « je reviens vers vous » soit une mode dans le marketing, c’est possible, je n’ai jamais encore reçu ce genre de courrier. Mais si un courrier ainsi introduit m’arrivait par exemple dans le cadre du traitement d’un litige, la formule me semblerait et serait parfaitement convenable.

Dans la littérature et encore pour quelques personnes, le verbe, c’est la parole, c’est n’importe quel mot. Un discours verbeux contient trop de mots, pas trop de verbes, et « verbalement » signifie « avec des mots ». Et cependant dans ce livre, je pense comme vous qu’ils utilisent « groupe verbal » ou « locution verbale » pour parler d’un groupe de mots ayant dans la phrase la fonction d’un verbe au sens syntaxique.
Si vous ne voyez pas de verbe dans cette série d’exemples, je pense que soit il faut les chercher ailleurs dans la page, soit l’auteur a oublié de citer les expressions verbales correspondantes. Voici donc comment j’interprète la chose. Quand un nom composé ne semble pas avoir de logique interne, et qu’on ne sait donc pas trop comment l’écrire au pluriel, c’est parfois parce qu’il a son origine dans une tournure verbale, et dans ce cas le nom composé dérivé est invariable, et s’écrit comme dans la locution verbale.
— passer du coq à l’âne –> des coq-à-l’âne
— se rencontrer en tête à tête –> des tête-à-tête
— mettre un pied à terre –> acheter des pied-à-terre
— mettre le pot au feu –> manger des pot-au feu
Cette logique serait généralisable aux noms composés sur la base d’une locution adverbiale : des à-peu-près, des petit-à petit, des bon-an-mal-an…

— Comment tu as trouvé ce médecin ?
Oui, cette phrase est utilisée dans la langue courante, indifféremment pour les deux acceptions que vous mentionnez, et oui il peut y avoir ambiguïté sans contexte.
— « Comment » peut être un adverbe interrogatif de manière (comment vient-il ?) mais aussi un mot appelant un attribut (comment est-il ?).
— « Trouver » est un verbe transitif direct appelant un COD (je trouve une pièce), et ce COD peut recevoir un attribut (je trouve cette pièce jolie) ; ce verbe est alors dit attributif.
Pour lever l’ambiguïté, on peut ajouter des mots insistant sur le sens du mot interrogatif :
— Sens 1 : Ce médecin, comment tu as fait pour le trouver ? On insiste sur la manière.
— Sens 2 : Ce médecin, comment tu as trouvé qu’il était ? On insiste sur l’attribut.