Merci à tous les deux (et merci Tara pour cette explication très détaillée!).

En effet, c’est assez délicat de s’y retrouver… Entre les règles de la concordance, les nuances (importantes, au demeurant) de sens, et ces formes passées du subjonctif quelque peu poussiéreuses de nos jours…
Toute la difficulté est là : ces formes du passé, quoique correctes, détonnent au milieu d’un récit donnant l’avantage à des temps « simples » ; cette désuétude que vous évoquez les font paraitre dissonantes, étrangères, voire fautives, à nos oreilles.

En l’occurrence, cette phrase est issue d’un récit qui privilégie le subjonctif présent autant que possible.  Cependant, dans cette phrase, le subjonctif présent s’avère problématique, car on parle bien d’une protagoniste qui espérait (et n’espère plus, étant décédée depuis…)

L’autre gros hic, c’est l’impossibilité d’utiliser l’indicatif « espérait » après « comprenons que », étant donné que « comprendre que »  impose (me semble-t-il) le subjonctif lorsqu’il a le sens de « comprendre pourquoi ».

Je vais donc garder « nous comprenons qu’elle ait espéré », je pense (bien que cette forme me dérange un peu par la brièveté qu’elle suggère, alors que l’espérance dont il est question a perduré jusqu’à sa mort…).
Et je laisse de côté « nous comprenons qu’elle eût espéré » et « espérât », qui détonnent trop,  je pense, avec la tonalité générale du récit.

Merci beaucoup pour ces réponses qui ont dissipé mes doutes !

Merci beaucoup pour vos réponses qui ont dissipé mes doutes !