« Et  » fait de style.

Pierre entra et il courut vers moi.

« Et » en début de phrase ne prend pas obligatoirement de virgule.
Pierre entra. Et il courut vers moi. (= correct).
Pierre entra. Et, il courut vers moi. (= correct).

Pierre entra lentement et, rapidement, il courut vers moi.
= On met des virgules afin d’éviter de troubler le lecteur.
= Pierre entra lentement et rapidement (hein ?) il courut vers moi (à d’accord, j’ai compris).

Mais, en début de phrase, la virgule après un CC n’est pas obligatoire.

Rapidement(,) il courut vers moi.

Pierre entra lentement. Et rapidement il courut vers moi.
Pierre entra lentement. Et, rapidement, il courut vers moi.
= Les deux énoncés sont corrects.
= La pause, imposée par le point, suffit à éviter un contre-sens (lentement et rapidement).
= Les virgules qui encadrent « rapidement » produisent une pause qui met en valeur ce mot. C’est un effet de style.

Donc.

Et là il entra.
= correct. Impression de vitesse. (=etlàilentra lu d’une traite).

Et, là, il entra.
= correct. Produit un pause, une attente, du suspense (= et…là…il entra !).

Et là, il entra.
= correct. Même effet de style (et là…il entra !).

En fait = en réalité = effectivement = complément circonstanciel modalisateur. Il traduit une prise de position du locuteur. Il possède une bonne mobilité à l’intérieur de la phrase.

En fait, je pense qu’il faut venir. (= meilleure formulation pour moi).
Je pense qu’il faut venir, en fait. (= grammaticalement juste, mais je ne le dirais pas).
Je pense, en fait, qu’il faut venir. (= parfaitement juste, pourquoi pas scientifique ?).

Par contre,

Je pense, qu’en fait, il faut venir. (= Cela me semble incorrect).
Si on place cette expression entre deux virgules, cela signifie qu’elle est mobile dans la phrase. (Qu’en fait, je pense il faut venir). =/= Il aime, le matin, prendre un café. (Le matin, il aime prendre un café.).

La place des virgules a une petite importance. Il faut mettre la phase à la forme négative pour s’en rendre compte.

J’estime que, en hiver, il faut absolument aller dans le Sud.
Je n’estime pas que, en hiver, il faut (ou faille) absolument aller dans le Sud.
= Mais j’estime que, en hiver, il faut aller dans le Nord.
= « En hiver » CC de phrase. Grâce aux virgules, il est hors de portée de la négation.

J’estime qu’en hiver il faut absolument aller dans le Sud.
Je n’estime pas qu’en hiver il faut (ou faille) absolument aller dans le Sud.
= Mais j’estime qu’en été il faut absolument aller dans le Sud.
= « En hiver » appartient au groupe verbal. Il est sous la portée de la négation. Ce n’est plus un CC de phrase.

Donc.

Je pense que, en fait, il faut venir.
Je ne pense pas que, en fait, il faille venir.
= En fait, je pense qu’il faut partir.
= « En fait » = CC de phrase.
= « En fait » n’est pas dépend du verbe et se trouve hors de la portée de la négation.

Je pense qu’en fait il faut venir.
Je ne pense pas qu’en fait il faille venir.
= Mais je pense que peut-être il faut venir.
= « En fait » appartient au GV et se trouve sous la portée de la négation.

Partant de ?
= à partir de ses…

Réduisons la phrase au maximum.

La capitale est plombée par le nombre de jours d’ensoleillement, où Marseille brillent.

Si on suit l’analyse de Cathy qui parfaitement rigoureuse.

La capitale est plombée par le nombre de jours d’ensoleillement.
+
Marseille brille dans un domaine : le nombre de jours d’ensoleillement.
=
La capitale est plombée par le nombre de jours d’ensoleillement, domaine où Marseille brillent.

Mais, on peut remplacer « où » par « par lequel ». Deux antécédents sont possibles.

La capitale bretonne est tout de même plombée par quelques critères comme le nombre de jours d’ensoleillement, par lesquels Marseille, Toulouse et Bordeaux brillent.

= Marseille, Toulouse et Bordeaux brillent par quelques critères…

La capitale bretonne est tout de même plombée par quelques critères comme le nombre de jours d’ensoleillement, par lequel Marseille, Toulouse et Bordeaux brillent.

= Marseille, Toulouse et Bordeaux brillent par leurs nombres…

La vraie question est : comment peut-on mettre une phrase aussi alambiquée dans un manuel de FLE ?

Phil propose une approche à la frontière de la grammaire et de la stylistique qui me pose quelques problèmes.

Cette question concerne la transposition du discours direct en discours indirect. Le passage du discours direct au discours indirect impose de suivre la règle de la concordance des temps. Mais, cela n’est pas toujours obligatoire.

La Riegel considère qu’on peut employer le présent lorsque celui-ci exprime une vérité générale ou une description.

Il a dit : « La Terre est ronde. »
= Présent de vérité générale.
Cet énoncé était, est et sera toujours vrai, on peut ne pas appliquer la règle de concordance.
Il a dit que la Terre est ronde.
Cet énoncé ne me pose aucun problème car il n’est source d’aucune ambiguïté.
On ne lira jamais. Il a dit : « La Terre était ronde. »

Il a dit : « Ton ami est militaire. »
= Présent de description.
Si l’ami est encore militaire maintenant, on peut ne pas appliquer la règle de concordance.
Il a dit que ton ami est militaire.

Le problème, c’est qu’en raisonnant ainsi, on risque d’opposer « est militaire » (= encore militaire) et « était militaire » (= n’est plus militaire).

Face à l’énoncé : Tu as dit à Emma que son ami était militaire.

Que vais-je comprendre ?

a) Si je maîtrise la règle de concordance.
= L’ami d’Emma est militaire = Tu as dit à Emma: « Ton ami est militaire. »

b) Si je ne maîtrise pas la règle de concordance et que j’ai pris l’habitude d’employer le présent au lieu de l’imparfait lorsque je passe du discours direct au discours indirect.

= Son ami n’est plus militaire. = Tu as dit à Emma: « Ton ami était militaire ».

Cela peut créer de gros problèmes d’interprétations.

Quand vous avez un doute entre -é (participe passé) et -er (infinitif), faites le test avec un autre verbe, qui n’appartient pas au premier groupe (verbe en -er).

Il faudra rendre toutes les pages ou il faudra rendu toutes les pages.
Si vous pouvez dire « rendu » alors il s’agit d’un participe passé et on écrit -é.
Si vous pouvez dire « rendre » alors il s’agit d’un infinitif et on écrit -er.

Souvent, cela fonctionne plutôt bien.