On dira :
Le crapaud est blanc et le crapaud est de couleur blanche.
Mais on ne dira pas « la couleur du crapaud est « blanc », le sujet étant la couleur.

On dira, en définitive:
« le crapaud est de couleur blanche » et « la couleur du crapaud est blanche » .

Attention Imane, votre question aurait été mieux rédigée ainsi :
« quand utilise-t-on que et quand utilise-t-on qui ? »

Je suis de l’avis de joelle :
La phrase 1 est mal construite.
La phrase 3 est correcte mais lourde.
La phrase 2 conviendrait mieux :
« Je me demande si l’île n’a pas déjà été engloutie dans le néant. »

Pourquoi ne pas essayer :
« Je me demande si l’île a déjà été engloutie dans le néant » ?
Le « ne… pas » ne me paraît pas nécessaire, il alourdit la phrase.
La phrase me paraît plus légère et elle démontre qu’il n’y a pas de règle bien établie en ce qui concerne la place de l’adverbe. C’est une question de style.

Il est délicat, ici, de dire untel est meilleur.
Mais, je pense que, pour un début, Le Petit Grevisse est incontournable,  Il fait autorité et son prix est abordable.

« Au contraire  » signifie « d’une façon opposée » :
« Vous ne vous êtes pas ennuyée ? –
– Au contraire, j’ai passé une excellente soirée. »
Votre premier exemple est bien choisi pour illustrer cette définition :
« Vaut-il mieux concentrer toutes nos ressources sur un seul projet ? ou au contraire, construire plusieurs bâtiments à la fois ? » «

« Par contre , qui n’est pas récent, est entré dans l’usage général, même le plus exigeant » (Le Bon usage).
Par contre , nous surprendrons celle [la force] qui rassemble [dit le grand-maître des Templiers] (Balzac).
Duroy, par contre , dînait tous les jeudis dans le ménage (Maupassant).
« Nous pourrions citer plus d’une centaine d’auteurs, notamment environ quarante membres de l’Acad. » (Le Bon usage).
« Elle ne peut donc être considérée comme fautive, mais l’usage s’est établi de la déconseiller, chaque fois que l’emploi d’un autre adverbe est possible. » (Acad.). Les puristes recommandent d’user d’en compensation ou d’en revanche , lesquels ne conviennent pas toujours. Selon Gide : « Trouveriez-vous décent qu’une femme vous dise : « Oui, mon frère et mon mari sont revenus saufs de la guerre ; en revanche j’y ai perdu mes deux fils » ? »

«  En revanche » (ou « par contre », donc) signifie « inversement ».  

Souvent, on ne peut pas employer « en revanche  » et « au contraire  » indifféremment :
« Vous viendrez, ce soir ?! 
– Non, j’ai peur de vous déranger.
– Mais non, au contraire, vous nous ferez plaisir ! »
On ne peut pas dire « en revanche, vous nous ferez plaisir ». L’ensemble n’aurait guère de sens.
On dira : « Nous sommes revenus trempés, en revanche, nous avons ramassé beaucoup de champignons. »
On ne peut pas dire : « Nous sommes revenus trempés, au contraire, nous avons ramassé beaucoup de champignons. » On n’y retrouve pas l’idée de compensation.

On peut résumer ainsi :
Opposition : « Ce drap est-il propre ? – Au contraire, il est sale ! ».
Compensation : « Il fait très froid, en revanche, je suis bien couvert. »

La concordance des temps, dans cette subordonnée, appellerait l’imparfait (plus-que-parfait – imparfait) :
« Si tu avais intégré le fait que tu étais menuisier… »

Cependant, le verbe « être» désigne un état : l’interlocuteur est menuisier, à ce titre, le présent est parfaitement admis :
« Si tu avais intégré le fait que tu es menuisier… » (si tu avais intégré quoi ? le fait que tu es menuisier).

Oui, c’est intéressant.

Bien sûr, je connaissais la version « militaire », bien que, ayant fait mon service militaire, je n’eusse jamais entendu l’expression « au temps ».

Pour ce qui est de « autant pour moi », je n’étais pas sans savoir qu’elle était employée par certains auteurs, grammairiens et linguistes.

Mais, nous ne sommes ni l’un ni l’autre grammairien ou linguiste. Il vaut mieux alors employer la formule (consacrée par l’Académie française et par le Projet Voltaire) : « Au temps pour moi ».

Bravo pour votre intérêt et vos recherches.

Nadimone, ce n’est pas si complexe.
« Merci pour vos réponses toutes exquises » : Toutes les réponses sont exquises.
« Merci pour vos réponses tout exquises » : Totalement exquises.

L’affaire n’est pas simple : Tantôt les auteurs laissent le participe passé invariable, tantôt ils accordent :

Ses imprudences à lui, s’il en a commis, furent élevées (Bremond).
Il se faisait des cigarettes comme on n’en a jamais vu (Japrisot).

Ses ordres, s’il en a donnés , ne me sont pas parvenus (Stendhal).
J’ai déchiré de mes brouillons bien plus de feuillets que je n’en ai gardés (Barrès).

Le mieux est de s’en tenir à la règle :
Quand l’objet direct est le pronom personnel en , le participe reste d’ordinaire invariable.
Toutefois, Grevisse ne considère pas l’accord comme incorrect.

Lorsque en est accompagné d’un adverbe de degré, l’accord est souhaitable :
On saurait […] combien de gens il a convertis, combien il en a consolés (Veuillot).

Si en est associé à un adverbe de degré jouant le rôle d’un pronom indéfini et précédant le participe, on n’accorde pas :
J’en ai tant vu , des rois ! ( Hugo).
Tu m’as dit que les romans te choquent ; j’en ai beaucoup lu (Musset).

Enfin, lorsqu’il y a une subordonnée relative introduite par que, l’accord est commandé non par le mot en , mais par le pronom relatif objet direct placé avant le participe, on accorde :
Ma mère m’a écrit ; les nouvelles que j’en ai reçues m’ont rassuré.

Ici, dans « Quels fruits en-ai je retirés ? », manifestement, le COD est fruits (j’ai retiré quoi ? des fruits), en n’est pas pronom personnel, il est pronom neutre COI mis pour « cette expérience » (j’ai retiré de quoi  ? de en mis pour cette expérience).

Il y a plusieurs fiches et donc plusieurs actions, donc on accorde au pluriel :
« Des fiches actions ».