Le mot « capitaine », a priori masculin, n’est pas un nom de métier, mais c’est souvent un nom de fonction, par exemple dans les sports collectifs, ou sur un bateau.
Un nom masculin exprimant une fonction, utilisé métonymiquement pour désigner une femme exerçant cette fonction, peut être féminisé, comme on le fait pour les métiers. Ainsi, pour la fonction de capitaine dans une équipe sportive, on entend et on lit très majoritairement : cette joueuse est la capitaine de l’équipe. Sur un bateau, le mot « capitaine » désigne aussi une fonction, et on peut le féminiser : ma mère est la capitaine de ce bateau, la capitaine de cet équipage… mais c’est dans ce cas moins fréquent (on utilise parallèlement le masculin, peut-être pour insister sur la fonction asexuée, plutôt que sur le sexe de la personne).
Il faut noter qu’inversement, les fonctions exprimées par des noms féminins ne peuvent pas encore être masculinisées, sauf parfois pour des raisons militantes, et on doit normalement conserver : ce soldat est une sentinelle.
Dans l’armée, le mot « capitaine » désigne plutôt un grade qu’une fonction, et les grades ne se féminisent pas. Dans cinq ans peut-être, on ajoutera les grades aux métiers et aux fonctions, mais cette possibilité n’est pas encore proposée. Pour être dans les clous, on doit continuer à dire au masculin : elle veut devenir sergent, elle veut devenir capitaine.
Dans quel contexte s’inscrit votre question ?
P.S. Dans dix ans, on s’apercevra peut-être que le mot masculin « capitaine » usurpe le « e » final, marqueur du féminin, et on le masculinisera pour les hommes : une capitaine, un capitain. Et ce sera effectivement je pense conforme à l’esprit de notre langue.

Dans « j’ai entendu une femme raconter des histoires », le COD du verbe « entendre » est la propositions infinitive « une femme raconter des histoires », c’est cela que j’ai entendu. Ni « une femme » ni « des histoires » ne sont COD du verbe « entendre ».
Même en décalant un de ces deux éléments (accompagné de son pronom) avant le verbe conjugué avec l’auxiliaire « avoir », il ne devient pas COD. On ne devrait pas accorder le participe passé, puisque son COD reste la proposition infinitive complète. Cependant, par convention, et uniquement par convention, quand l’élément déplacé (ou plutôt son pronom) avant le participe passé est le sujet de la proposition infinitive, on accorde le participe passé avec cet élément.
Construction avec un pronom relatif :
— Une femme que j’ai entendue raconter des histoires, une femme que j’ai entendue parler
— Les histoires que j’ai entendu raconter par une femme, les histoires que j’ai entendu raconter
Construction avec un pronom personnel :
— Cette femme, je l’ai entendue raconter des histoires
— Ces histoires, je les ai entendu raconter

On peut continuer à dire « à ton instar ».
Si on supprime progressivement des livres tout ce qui se dit de moins en moins, dans dix ans il ne restera plus grand chose de notre langue.

À partir de « j’ai forcé cette femme à dire la vérité », on peut pronominaliser soit « cette femme » soit « la vérité ».
Quand le pronom placé avant est le sujet de l’infinitif, on accorde le participe passé :
— Les femmes que j’ai forcées à dire la vérité
Et quand le pronom placé avant n’est pas le sujet de l’infinitif, on n’accorde pas :
— La vérité que j’ai forcé ces femmes à dire

Le verbe « trouver » se conjugue avec l’auxiliaire avoir :
— nous avons trouvé une mission, nous lui avons trouvé une mission, nous leur avons trouvé une mission…
Mais quand le complément (en particulier un COD, un COI, un complément d’attribution) représente la même personne que le sujet, le verbe se met « à la forme pronominale », avec l’auxiliaire être :
— nous nous sommes trouvé une mission
Donc :
— il m’a trouvé une nouvelle mission, il vous a trouvé une nouvelle mission, il s’est trouvé une nouvelle mission

Écrivez « à » pour l’objectif, « sur » pour le travail en cours :
— je travaille sur ce dossier, je travaille à cette réalisation

* Les verbes naître, mourir, tomber, marcher, sauter, courir… sont intransitifs (je nais, je meurs, je tombe, je marche, je saute, je cours…)
* Il se trouve que les verbes sauter ou courir sont parfois utilisés transitivement (on peut sauter un ruisseau ou une semaine, on peut courir un marathon, on peut courir un cent-mètres…).
* Dans ce sens, il est impératif de mettre un trait d’union à « un cent-mètres » et « des cent-mètres ». C’est très vicieux d’écrire « les cent mètres qu’il a courus », et à vrai dire, c’est logiquement incorrect. Il faut un trait d’union pour donner à « cent mètres » le sens de « une course sur cent mètres ». C’est juste un amusement d’examinateurs que d’oublier ce trait d’union créant un nouvel objet, désigné par un nom composé, pouvant alors devenir COD. De même, si un jour une épreuve sportive consiste à sauter pendant dix minutes, il faudra l’appeler et l’orthographier « un dix-minutes », et ce mot composé masculin singulier pourra être COD (les trois dix-minutes que j’ai disputés).
* Les informations derrière votre lien sont par ailleurs incohérentes (un verbe sans COD y est dit intransitif, le prix d’une chose est qualifié de circonstanciel, des mots concrets sont taxés de sens figurés…), ne tenez pas compte de cette page.
* Donc : une distance de cent mètres, complément de mesure, ou une course sur cent mètres, complément objet.

* Dans votre première phrase, vous devez retirer le « ne » qui n’a aucune justification. Et même en retirant ce mot, cette phrase mettant en parallèle les verbes « compter » et « connaître » reste incorrecte, n’a aucun sens.
* On utilise le subjonctif dans des comparaisons absolues :
— le seul qui soit… le meilleur qu’on puisse trouver…
* On utilise aussi le subjonctif après certains verbes à la forme négative mettant en doute une réalité :
— je ne crois pas qu’il soit…
* L’absolu est marqué dans toutes vos phrases par le terme « jamais » utilisé dans sa forme affirmative signifiant « ne serait-ce qu’une fois », utilisable tant pour le passé que pour le futur :
— si jamais il vient… je ne crois pas qu’il puisse jamais gagner un match… je ne crois pas qu’il ait jamais gagné un match…
— je ne crois pas qu’il ait jamais été complètement sincère sur ce point… je ne crois pas qu’il soit jamais complètement sincère sur ce point…
* Quand on envisage ce qui s’est passé jusqu’à maintenant, on utilise le subjonctif passé parce que c’est le temps composé de base dans une phrase au présent. C’est l’équivalent du passé composé pour un verbe à l’indicatif :
— je crois qu’il est venu, je ne crois pas qu’il soit venu
— le plus petit de ceux que j’ai vus, le plus petit que j’aie jamais vu
— je crois qu’il a déjà été sincère… je ne crois pas qu’il ait jamais été sincère…
* Un temps passé non composé est théoriquement possible, sans référence au présent, sans notion d’antériorité, dans un récit avec du passé simple et du subjonctif imparfait :
— Paul Duval naquit… le plus grand esprit qui fût jamais… le meilleur des hommes qui existât jamais…

Manifestement, vos phrases s’inscrivent dans le présent, avec une référence au passé vu du présent, c’est-à-dire à des faits antérieurs, et il faut donc marquer l’antériorité par un temps composé.
L’absolu dans le passé, signifiant la totalité de tout ce qui a théoriquement pu un jour exister, se marque par le subjonctif. Il faut cependant noter que ce sens, cette référence à un absolu plongeant loin dans le passé, est parfois ridicule dans une conversation (quel est le meilleur vin que vous ayez jamais bu ?), mais normal en littérature.
Récit au présent + nécessité d’un temps composé pour marquer une antériorité + nécessité d’un subjonctif pour marquer la possibilité théorique de l’existence d’une chose = subjonctif passé.

Dans la mesure où vous commencez une phrase par « je suis en cours d’élaboration d’un site qui gère des dossiers… », la suite n’a pas grande importance :
— « être en cours d’élaboration » n’a aucun sens
— « un site qui gère des dossiers » est sémantiquement incertain
— « se poser la question sur l’orthographe » est syntaxiquement fautif
— que telle ou telle orthographe vous « choque » ou non n’importe pas
Les adjectifs s’accordent :
— Les fichiers électroniques
— Les rapports importants
— Les dossiers familiaux
Les noms qui servent d’étiquette catégorielle ne s’accordent pas :
— Le rayon livres
— Les rayons lingerie
— Les documents papier
— Le département ressources humaines
— Les départements informatique
Si vous pensez qu’une élégance formelle doit vous inciter à mettre en parallèle des constructions parallèles (deux adjectifs ou deux noms compléments invariables), non, c’est faux. Que tel mot soit précisé par un adjectif qui s’accorde, ou qu’il soit précisé par un nom complément qui ne s’accorde pas, c’est juste comme ça, on n’y peut rien.
On peut certes éventuellement trouver une justification à la graphie rare : des documents (au format) électronique
On peut certes éventuellement trouver une justification à la graphie rare : des documents (qui sont des) papiers
Mais grammaticalement, la proposition ne demande aucune harmonisation formelle des compléments. Le mot « document » est complété de différentes manières, que rien n’oblige à construire identiquement. On peut écrire sans complexe : des dossiers électroniques et des dossiers papier.

Parfois, on a le choix (regard global ou individualisé) :
— Ils lèvent leurs chapeaux (des chapeaux sont levés) , ils lèvent leur chapeau (chacun le sien)
Si on décide de parler de deux chapeaux, on perd évidemment le choix du nombre :
— Ils sont deux, ils ont deux chapeaux, ils lèvent leurs deux chapeaux
De même, si on choisit de parler de deux silhouettes, il n’est pas envisageable que ce mot se mette au singulier.
Il est totalement impossible, quoi qu’en disent les excellents contributeurs de ce site, de justifier par un accord sylleptique une différence de nombre ou de genre entre un nom et son déterminant.
Vous pourriez envisager :
— Ils regardent leur silhouette projetée sur le mur (pas impossible syntaxiquement)
— Ils regardent leurs silhouettes projetées sur le mur
Mais quand « leur silhouette » ou « leurs silhouettes » forme le sujet d’une proposition, il faut trancher, et normalement pour le pluriel (le singulier étant envisageable uniquement dans des cas où la suite de la phrase ferait du sujet de la proposition un acteur non agent) :
— Leurs deux silhouettes se détachaient… Leurs silhouettes se détachaient…
Même sans le quantificateur « deux », le singulier distributif est normalement impossible comme sujet.

Votre nouvelle question, que vous avez posée en « réponse », consiste à trancher entre :
— Ainsi péroraient-elles de leur petite voix pointue.
— Ainsi péroraient-elles de leurs petites voix pointues.
Syntaxiquement, vous avez le choix, mais pour ce qui est du style et de la nuance, mieux vaut reposer la question, plus clairement, sans adverbe, sans mot rare, sans sujet postposé :
— Elles parlaient de leur voix pointue
— Elles parlaient de leurs voix pointues
Je fais le pari que si vous aviez seulement voulu qualifier leurs voix, vous auriez écrit :
— Elles parlaient d’une voix pointue
Si vous n’avez pas écrit ainsi, c’est peut-être que leurs voix pointues apparaîtront comme sujet d’une proposition dans la suite de votre texte, et qu’il ne s’agit pas d’un simple complément circonstanciel ? Ce n’est pas vraiment une question d’orthographe.