Pour un certain nombre de verbes de mouvement, les deux auxiliaires peuvent s’employer selon que l’on exprime plutôt le déroulement (avoir) ou l’état qui en résulte (être) : « il a grandi rapidement, il est bien grandi désormais » ou « trois ans ont passé (sont passés) depuis l’accident ».
Force est de constater que l’auxiliaire être cède souvent à notre époque la place à avoir, la première conjugaison devenant peu à peu un archaïsme sans être pour autant une erreur.
NB L’ancienne comptine bien connue J’ai descendu dans mon jardin / Pour y cueillir du romarin… est un bon marqueur de cette évolution des auxiliaires. Là, c’est dans l’autre direction…

Dans votre citation, il y a bien deux éléments séparés, une question et une réponse. La seconde est à considérer comme une phrase séparée, donc commençant par une majuscule.
« Qui suis-je ? La flamme bien sûr ! »

On ne peut se poser la question indéfiniment à chaque locution, latine ou dans une autre langue. Les mots isolés sont plus facilement reconnaissables et la francisation plus facile. Les locutions (deux mots ou plus) posent souvent plus de problèmes de prononciation (comment prononcez-vous intuitu personae ?) ou de graphie (voir les interminables discussions sur a priori ).
Comme relecteur-correcteur, j’ai choisi le principe de ne jamais considérer une locution comme francisée, donc d’employer les prononciations et graphies d’origine (pas d’accent en latin notamment), donc écrites en italique. À ce jour, je n’ai vu aucune autre proposition cohérente, chacun renvoyant à telle ou telle pratique, ce qui n’amène que cacophonie.

Même principe pour tous les noms collectifs (il y en a des dizaines) suivis d’un complément représentant des personnes :  on accorde selon le sens du verbe qui suit, ce qui n’est pas toujours flagrant.
L’accent est alors porté soit sur le collectif (singulier) soit sur les individus (pluriel).
– Une poignée de voyous m’est tombée dessus à la sortie du restaurant. [notion de groupe homogène]
– Une poignée de clients n’étaient pas satisfaits. [notion d’avis épars]

Comme indiqué dans ma réponse à votre précédente question, il s’agit ici de deux substantifs, donc avec traits d’union.

Le trait d’union marque la substantivation (transformation en nom) d’une locution ou d’un groupe de mots.
Tout dépend donc de l’emploi de l’expression :
–C’est du tout-en-un;
– Avec cet appareil, on a tout en un.
L’usage de guillemets peut se justifier car la tournure n’est pas forcément bien lexicalisée…

À défaut de virgule avant le pronom que, celui-ci se rapporte au nom qui le précède immédiatement, ici le vert.
Comparez :
– Elle a des yeux d’un vert clair qu’elle aurait préféré plus foncé.
– Elle a des yeux d’un vert clair, qu’elle aurait préférés plus foncés.
L’explication est générale sur le rôle syntaxique  de la virgule car dans cet exemple précis le sens milite déjà pour l’accord avec vert.

La forme aies-je (qui équivaudrait à j’aies sans inversion) ne correspond à aucune conjugaison du verbe avoir. Ce n’est donc pas à considérer.
Plus logiquement, pensez la phrase sans inversion. Diriez-vous  :
— J’ai demandé, en relevant les yeux vers lui : « Qu’est-ce que c’est ? »
— Je demandai, en relevant les yeux vers lui : « Qu’est-ce que c’est ? » (passé simple)
— J’avais demandé, en relevant les yeux vers lui : « Qu’est-ce que c’est ? »
— Je demande, en relevant les yeux vers lui : « Qu’est-ce que c’est ? »
Vous faites le choix en fonction de la concordance des temps avec le reste du texte puis vous inversez sujet et verbe. Pour la dernière phrase (présent de narration), la forme inversée est demandè-je.

Cette tournure – plutôt littéraire – peut surprendre mais elle est parfaitement correcte, ce qui n’exclut pas d’autres formulations plus intuitives comme celle que vous mentionnez ou « la victime, plusieurs voyageurs l’ont vue agressée sans esquisser un geste ». Comme les deux verbes sont identiques à l’oreille, c’est assez trompeur.
Je vous joins comme explication un billet détaillé du très érudit blogue Parler français. L’exemple est avec se voir mais le mécanisme est identique.

Comme passer, trépasser se conjugue avec l’auxiliaire avoir quand on veut exprimer l’action qui s’est passée à l’époque dont on parle et avec l’auxiliaire être quand on veut exprimer l’état résultant de cette action.
Dans votre exemple, il semble que vous évoquez l’action de mourir : « Elle a trépassé il y a trois années déjà. »
Mais on dirait : « Elle est trépassée depuis trois années déjà. »