Il n’y a pas de raison de majusculer quoi que ce soit ici. Il s’agit de noms communs utilisés comme tels.

La majuscule à Santé ou Affaires étrangères n’est pas arbitraire. Elle reflète la valeur absolue du terme par rapport au nom commun ou à la valeur relative. C’est le principe même de toute majuscule que celui de restreindre une signification générale à une valeur précise présumée connue dans le contexte (ici l’organisation administrative française, avec un budget donné, du personnel, une structure).
Donc « ministre chargé de la Santé » mais par exemple « le ministre chargé de la santé des Français résidant à l’étranger » (valeur relative par rapport au complément exprimé).
Inutile de chercher les solutions aux questions typographiques dans les dictionnaires, il s’agit d’appliquer des principes dans un contexte. N’importe quel mot peut être doté d’une majuscule si cela renvoie à une valeur précise connue dans le document concerné…

Cette question (le plus, le moins, etc.) fait régulièrement couler de l’encre car le sens n’est pas intuitif. Un moyen simple pour avoir une réponse est de procéder comme suit :
– si on peut remplacer « le plus »par « très », c’est qu’il s’agit de la locution adverbiale invariable en lien avec l’adjectif ou participe qui suit : « …des paysages qu’ils souhaitaient le plus éloignés (très éloignés) de ceux de la montagne. »
– si on peut supprimer « le », c’est qu’il s’agit simplement d’un comparatif et il doit y avoir un complément, explicite ou sous-entendu. L’article s’accorde alors avec le nom qui suit : des paysages qu’ils souhaitaient (les) plus éloignés de ceux de la montagne. »(sous-entendu : que…, que ceux que…).
Dans tous les cas l’adjectif (ou le participe) s’accorde avec le nom auquel il se rapporte (ici éloignés, au pluriel comme paysages).

Il est difficile de faire une analyse historique pour une expression qui ne date que de la seconde moitié du XXe siècle et n’a clairement pas la faveur des grammairiens.
Elle se rencontre néanmoins à l’écrit et le singulier « tient la corde » dans les occurrences publiées (voir le graphe de fréquence). À noter que la première apparition dans un dictionnaire de « langue verte » date de 1960 et reprend aussi le singulier (voir le très connu dictionnaire d’Auguste Le Breton).
Dernier point : comme pour la langue académique, il n’y a pas raison de faire figurer un pluriel si rien ne l’impose.  Cela s’applique aussi à l’argot…

Comme préposition, en est plus généralisant que dans suivi d’un article défini.
« Elle est dans la forêt » indique qu’on a une idée de ladite forêt : celle qu’on a citée, celle qu’on voit de là où l’on se trouve, celle que tout le monde fréquente dans ces circonstances, etc.

La règle est très claire même si son application peut poser ensuite des problèmes !
– mots francisés : en romain, alphabet latin, avec pluriel régulier (je ne reviens pas dessus) et prononciation française ;
– mots non francisés : en italique, avec alphabet, pluriel et prononciation de la langue d’origine.
Vu le nombre impressionnant de mots étrangers en circulation et introduits chaque année, il est impossible de faire des listes de mots totalement francisés pour tous les domaines. Le choix pertinent est donc affaire d’usage (dictionnaires divers, médias)  et de contexte (une carte de restaurant n’est pas un roman). Dans votre exemple, on peut considérer à ce jour comme francisés tous les mots sauf :
– conchiglie : sous cette forme, c’est le pluriel de l’italien conchiglia (de la famille de conque), le ch se prononçant /k/ et le e final /é/ . Il fait par ailleurs doublon avec coquillette, sa version française ;
– pipe rigate : se prononce à l’italienne et reste en l’état.
À noter que le cas, plus courant, de tagliatelle (prononciation et pluriel italiens) a été examiné par l’Académie française qui a retenu la graphie « taliatelle(s) » puisque le g ne se prononce pas. Belle illustration de la règle…

Point 2 : la forme blé en mouture (état moulu) semble bien plus courante que les autres mais il faudrait une phrase complète pour se prononcer.

Ce sont en effet plutôt des gens qui travaillent « ensemble » (les uns avec les autres). Il vaut mieux utiliser une autre tournure adverbiale plus précise pour un nom collectif : de manière groupée, collectivement, en chœur, de concert, etc.

Les dictionnaires et autres ouvrages de référence ne semblent pas capables de faire la différence entre une locution (adverbiale ou prépositionnelle) et un nom composé. On y trouve donc de tout sans principe fédérateur pour de nombreuses associations de ce type.
Ma recommandation constante est de ne mettre des traits d’union que pour les noms composés (un tête-à-tête animé) mais pas dans les locutions (en tête à tête).
Il y a des dizaines de cas similaires que j’ai déjà évoqués sur ce site (de à(-)peu(-)près à sur(-)mesure ).

Les deux graphies (avec ou sans) ont pu se trouver mais celle avec traits d’union est plus logique. Le mot isolé raz (ou ras) pour un courant marin est en effet à la fois technique et régional (cf. la pointe du Raz) ce qui le rend quasiment incompréhensible en dehors de ce nom composé.

Il semble que l’emploi régulier de non devant n’importe quel adjectif soit devenu un tic verbal. C’est de la langue destructurée qu’on devrait s’abstenir d’employer, au moins à l’écrit.
Inutile de chercher des nuances : si quelque chose est impossible c’est que ce n’est pas possible, mais non possible n’est pas… français (en tout cas, pas pour moi).
PS Ma remarque ne vise évidemment pas les quelques tournures établies de longue date (le fameux eau non potable par exemple).