La locution pas loin de est autonome et équivaut à environ. Il n’y a pas de négation dans la phrase et pas de besoin d’ajouter un ne.
Donc : « Ils en trouvèrent pas loin de mille. »

Question intéressante car ce verbe conforter a subi une évolution surprenante.  Existant depuis longtemps mais peu utilisé, il est revenu en force dans les années 1970 (voir graphe de fréquence).
Comme réconforter, il s’applique normalement à une personne mais lors de sa « résurrection », il s’est aussi appliqué à des abstractions.  On peut donc conforter un choix, une thèse, une position, des idées, etc. Ces emplois sont désormais entrés dans l’usage et même l’Académie française ne trouve rien à y redire. Vos deux exemples sont donc corrects.

Dans les tournures « C’est + adjectif ou nom + (que) + de + infinitive », la conjonction que est purement explétive et optionnelle. Elle n’a aucune fonction grammaticale, n’ajoute rien au sens ou même à l’expressivité et peut donc aisément être supprimée. 
À ma connaissance les éléments explétifs, typiquement des spécificités françaises, sont au nombre de trois : le bien connu ne, le de (« il en met (de) partout ») et ce type de que.  

Au passé et au présent dans la principale , les formes au superlatif appellent le subjonctif dans la subordonnée. C’est ainsi, c’est idiomatique, c’est une affaire d’usage plus que de théorie :
– « C‘est le plus beau triomphe qui soit, que Rome ait connu depuis longtemps. »
– « Cela a (avait) été le plus beau triomphe que Rome eût connu. »
En revanche, au futur, comme il n’y a pas de temps du subjonctif associé, on repasse à l’indicatif :
– « Cela sera le plus beau triomphe que Rome aura connu. »
NB Le ne explétif est ici assez malvenu. Il vaut mieux le supprimer.

PS Je précise qu’il s’agit des formes du superlatif dit « absolu ». Les formes relatives (entre des éléments identifiés) impliquent en général l’indicatif. 

Votre tournure en exemple est ambigüe et ne permet pas de répondre franchement : est-ce le vert qui est glacé (je ne connais pas cette teinte) ou les yeux (en fait le regard qui est glacial) ?
Le second adjectif ou participe ne s’accorde pas s’il modifie le premier, en exprime une nuance : des yeux vert foncé = des yeux d’un vert foncé (foncé est une nuance du vert). Mais on accorde s’il se rapporte à ce nom : des yeux verts agressifs.
Le trait d’union ne se justifie que si deux couleurs sont associées dans un mélange :  des yeux bleu-vert (c’est une teinte spécifique) mais des yeux bleu et vert (juxtaposition de deux couleurs séparées).

Le ne que vous utilisez dans votre exemple est dit explétif. Il n’est pas nécessaire syntaxiquement comme dans une locution à fonction négative (de type ne… que…). C’est un reste de tournures anciennes, plutôt littéraires, que l’on trouve surtout à l’écrit, mais de moins en moins.
Vous pouvez donc l’employer dans la langue courante mais avec les  habituels risques de trouble voire de confusion. Les nombreuses questions régulièrement posées à ce sujet sur ce site prouvent une mauvaise compréhension de ces tournures.

Sur un plan typographique, les points de suspension sont systématiquement suivis d’une espace mais il n’y a une majuscule ensuite que si une autre phrase commence.
Ce n’est évidemment pas le cas si vous en faites un outil pour ménager une surprise, mettre en valeur un contraste puisqu’il ne faut justement pas casser l’enchainement.
« Il s’y refusait catégoriquement… jusqu’à ce qu’il apprenne la vérité. »
« Il s’y refusait catégoriquement jusqu’à ce qu’il apprenne… la vérité. »

Cette tournure est bien connue dans le monde judiciaire et carcéral. Dans les deux cas, le mot « ferme » est employé comme adverbe . Les années elles-mêmes ne sont ni fermes ni molles, elles sont comptées fermement, autrement dit « sans possibilité de raccourcissement » ou « sans sursis » pour de la prison.
Plus d’explications dans ce billet.

Il n’y a pas de mystère, le participe en apposition s’accorde avec le pronom (ou nom) auquel il se rapporte, donc « arrivé à bon port, chacun rejoint son logement » (à comparer avec « arrivés à bon port, tous rejoignent leur(s) logement(s) ».

PS Je vois qu’une nouvelle réponse soulève un doute sur l’accord qui pourrait prétendument se faire avec des éléments non présents dans la phrase. Il s’agit là d’une construction défectueuse appelée anacoluthe. Même si on la trouve hélas sous des plumes autorisées (exemples chez Mérimée,  Léo Mallet, Michel del Castillo et d’autres depuis Racine), elle reste bancale et sème la confusion dans une phrase. Comme le rappelle Bruno Dewaele, référence du Projet Voltaire, on doit l’éviter. Un participe détaché, présent ou passé, se rapporte au nom auquel il est apposé, pas à un autre. 

Il n’y a pas vraiment de différence d’intensité entre ces trois adverbes. Il s’agit plutôt des domaines d’emploi habituels : bien est une forme souvent familière, très est l’adverbe le plus courant et fort est plus littéraire et « écrit ».