La  locution conjonctive comme si commande uniformément l’imparfait (éventuellement le plus-que-parfait) de l’indicatif, quel que soit le temps de la principale :
– Il lui parle (parla, parlait) comme s’il s’agissait d’un animal.
– Il lui a parlé comme s’il s’agissait d’un animal (s’il s’était agi d’un animal).
– Il lui parlera comme s’il s’agissait d’un animal.
Cela mis à part, attention à la syntaxe. Le participe pouvant, isolé au milieu de votre longue phrase, est censé se rapporter à « la capacité » mentionnée au tout début, ce qui est évidemment incohérent (anacoluthe). Il faut reformuler, sans doute en deux phrases séparées.

Les débats parfois fantaisistes sur la féminisation à outrance de tout ce qui passe ont fait oublier les fondamentaux qui ne sont pas sociologiques mais linguistiques. Vous pouvez fort bien employer « celle ou celui » pour indiquer la mixité mais le nom joueur est fondamentalement asexué car il s’agit d’un rôle. Le sexe de la personne (ou de l’animal, ou du personnage virtuel, ou de l’ordinateur) qui tient le rôle n’intervient qu’en cas de besoin spécifique et il sera alors marqué par un article, un suffixe, un accord, un complément adapté.
C’est pour cela que tant de mots n’ont pas de forme autre qu’un genre grammatical arbitraire (une sentinelle, une vigie, une recrue, une star sont souvent des hommes) ou mixte (mot épicène). Il en va de même avec les animaux mâles ou femelles dont l’immense majorité ne sont qualifiés que par un mot unique. L’être humain ne les a différenciés que si cela avait un intérêt identifié.
Ce n’est donc pas que le « masculin l’emporte » (formule idiote que personne ne cautionne plus), c’est simplement qu’on ne marque pas le sexe pour des choses qui ne le concerne pas.
Je précise que cette approche vaut aussi pour le marquage singulier-pluriel, source de fréquentes questions sur ce site. Le singulier est primaire, basique, fondamental et le pluriel n’est qu’une forme occasionnelle.

Partie 1 : Question intéressante et plutôt rare.
L’emploi de plusieurs infinitifs  comme sujets peut en effet poser un problème d’interprétation d’accord du verbe qui suit. Ce cas est assimilable a un accord par syllepse et le verbe peut rester au singulier si les deux actions sont conçues comme coordonnées et n’en faisant qu’une : « Lorsque deux groupes infinitifs sujets sont coordonnés, l’accord du verbe se fait au singulier si l’on veut insister sur la neutralité des sujets ou sur le fait qu’ils représentent des actions faisant partie d’un même ensemble. L’accord au pluriel est possible si l’idée d’addition ou d’actions distinctes est prédominante. » (Site de l’Office québécois de la langue française). Cela semble le cas dans vos deux exemples.
Partie 2 : Cas plus classique et récurrent.
Si la langue se dispense d’un déterminant clair pour indiquer le nombre d’un substantif, c’est souvent que le singulier suffit par défaut. Le pluriel est certes toujours possible, mais on ne peut sans cesse se poser cette question pour les milliers de cas qui se présentent. En cas de besoin, le pluriel se marque  spécifiquement :
« De nombreuses personnes n’avaient pas pris de billet d’entrée. »
« De nombreuses personnes n’avaient pas pris les billets d’entrée, vendus à un prix exorbitant. »

Il n’y a pas des règles » pour tout, Dieu merci.
C’est une question d’usage et les dictionnaires font ce qu’ils peuvent pour le suivre.
Le TLF via le CNRTL a créé une rubrique qui étudie les différents modes de formation avec cet élément auto- et donne des considérations sur son évolution historique. C’est un préfixe très productif qui ne semble pas connaitre de limite d’utilisation sinon celle du bon sens…
NB Vous constaterez que auto-organisation figure dans la liste des termes identifiés.

D’une manière générale, n’insérez pas de virgule entre des éléments fortement liés : sujet et verbe, verbe et complément d’objet, pronom relatif avec son antécédent direct en particulier.
Si vous voulez insérer un segment « circonstanciel » amovible (complément notamment), faites-le avec une incise, tronçon qui s’encadre par deux virgules (ou parenthèses, ou tirets).
Conséquence : n’éloignez pas trop des éléments fortement liés, la phrase devient vite obscure.
« Quand le spécifiquement humain en nous a été abîmé, il devient facile de comparer à une machine ce qui reste du sujet plus ou moins machinisé. »
« Cet évènement avait fait un enfer de la ville où jamais rien n’arrivait. »

Votre exemple est amusant. Apparemment vous connaissez la règle d’accord mais elle vous écorche l’esprit comme vous écorcherait les oreilles le fait de dire « … si vacances vous avez prises. »
C’est normal puisque personne ne sait pourquoi il faut accorder le participe passé avec un complément d’objet direct antéposé. On sait juste que cela a été imposé comme norme, il y a quelques siècles, contre l’intuition et la logique et que c’est une des grandes conquêtes de la grammaire française qui reste la seule au monde à pratiquer cela.
En résumé, faites l’accord à l’écrit mais vous pouvez vous en dispenser à l’oral. Ce n’est certes pas souvent audible mais vous vous ferez plaisir intérieurement…
NB Ce n’est pas une fantaisie de ma part. La quasi -totalité des grammairiens et linguistes demandent une réforme de cette règle. Voir, si le cœur vous en dit, le site suivant : 

Lorsque plusieurs sujets sont en gradation (ascendante ou descendante), on considère que ces sujets ne se cumulent pas pour l’accord du verbe mais qu’ils sont englobés dans le dernier. Si celui-ci est au singulier le verbe reste donc au singulier : « Pas un animal, pas une personne n’est venue. » (avec accord de proximité au féminin) Dans cet exemple l’inversion aurait été souhaitable pour marquer l’absence par la gradation : « Pas une personne, pas un chat, pas une souris n’est venue. »
Si le rédacteur veut vraiment cumuler les sujets, ils doit formuler autrement, avec des conjonctions de coordination.

C’est bien le pluriel qui s’impose : « Il n’est, sans conscience de les avoir, ni qualité utile ni défaut surmontable. »
La forme ni… ni… est ici l’inverse de ou, conjonction par nature inclusive, c’est-à-dire appelant un pluriel (sauf les cas où les termes s’excluent clairement). On peut renverser les éléments pour rendre cela plus sensible  :  » Sans conscience de les avoir, il n’est ni qualité utile ni défaut surmontable. »
NB Ni est une conjonction de coordination qui dispense « normalement » de la virgule entre éléments coordonnés, en particulier dans une phrase courte. On constate de nos jours une tendance à surponctuer avant et, ou, mais.  Dans des aphorismes, la ponctuation jouant un rôle important, vous pouvez vous poser la question. La virgule met en relief mais elle casse aussi l’enchainement. En tout cas, elle ne doit pas être systématique (parcourir La Rochefoucauld pour s’en convaincre)…

Oui, il faut accorder puisque le qualificatif en question (intelligent) se rapporte à hôtels , nom au pluriel. 
« Cela a valu à ces rebelles le qualificatif de marginaux. »
« Cela a valu à ces reptiles le qualificatif d’animaux de compagnie. »

Comme souvent, il s’agit là d’un complément à valeur générale qui reste au singulier par défaut.
Si le pluriel a un intérêt quelconque pour le sens, il vaut mieux le marquer nettement, en particulier via un déterminant : « Le début des techniques des (liées aux, relatives aux) enquêtes criminelles. »