Deux possibilités moins « étranges » :
– Il frappait chaque document d’un coup de tampon (+adjectif éventuel).
– Il tamponnait (+ adverbe éventuel) les documents ;

Dans tous les exemples que vous donnez, ce n’est pas la typographie qui fait mettre des majuscules mais des considérations autres comme la publicité, les habitudes ou la trace d’anciennes graphies.
Le bâtiment est l’hôtel-de-ville* (comme on dirait le gymnase ou le casino). Il y en a d’ailleurs vingt à Paris. De même il est normalement inutile de majusculer dans la ville de Paris (c’est Paris qui porte déjà la majuscule) et la plupart des autres usages courants.
La majuscule apparait dans les emplois en valeur absolue (en général sans complément) : la Ville (au sens d’administration municipale, s’il n’y a pas de confusion possible), la Ville Lumière (Paris), la Ville éternelle (Rome), la Ville sainte (Jérusalem). La majuscule apparait aussi de manière normale dans les toponymes et assimilés (la station de métro Hôtel de Ville, la place de l’Hôtel-de-Ville) ou certains noms de marque (le Bazar de l’Hôtel de Ville).
*NB L’alliance de mots étant bien spécifique, les traits d’union devraient être la norme mais là aussi les habitudes anciennes ont la vie dure.

Je ne vois que deux formulations cohérentes :
– J’avais connu plus d’une année d’isolement causé par une épidémie que les dieux eux-mêmes semblaient n’avoir pas prédite. (compléter la négation)
– J’avais connu plus d’une année d’isolement causé par une épidémie que les dieux eux-mêmes ne semblaient pas avoir prédite.(telle que vous la donnez)

Vous avez raison et l’Académie rappelle ICI la bonne construction ainsi que les raisons qui la font déformer.

Quand tout est adverbe devant un adjectif ou un participe, il suit la règle d’invariabilité propre à un adverbe.
Par exception (imposée par l’Académie et suivie par l’usage), l’adverbe s’accorde au féminin devant un adjectif ou un participe commençant par une consonne ou un h aspiré :
– Elle est tout humiliée (le h est muet) , tout étourdie (voyelle);
– Elle est toute hérissée (le h est aspiré), toute mouillée (consonne).

Hors formules mathématiques complexes utilisant des signes très techniques, je ne vois guère qu’une « règle  » concernant les opérateurs arithmétiques courants (+, -, x, ÷,  =, >, < et quelques autres) : laisser une espace avec le chiffre qui suit et celui précède. Si l’ensemble de l’opération doit figurer sur une seule ligne, utiliser des espaces insécables.
Si le signe est un attribut spécifique du nombre qui suit (+, -), il se colle à ce chiffre.
Les parenthèses  isolent éventuellement un nombre dans une suite d’opérations. Au second degré, les crochets isolent des groupes d’opérations entre eux.
Exemple : 2 x [(+8) – (-3)] = +22 

On ne peut pas parler de règle pour graphier les onomatopées, mal inarticulées par nature, trop nombreuses et souvent créatives. Au mieux peut-on émettre quelques recommandations pour des textes classiques (hors bandes dessinées) :
– pour les plus communes, utiliser les graphies courantes les plus simples (plouf, pschit, brr, clac, etc.). Inutile de multiplier les consonnes pour tenter d’améliorer l’expressivité. Trois d’affilée suffisent à donner le sentiment de durée (Grrr, Hummm, Pfff) ;
– utiliser un dictionnaire qui répertorie ces usages ;
– utiliser éventuellement  l’italique pour signaler le fait qu’il s’agit d’un bruit retranscrit et non d’un nom courant ;
– utiliser le cas échéant le point d’exclamation (mais avec italique ou guillemets).

Liste d’onomatopées sur Wikipédia

Votre doute est compréhensible et ne se dissipera pas avec les réponses des uns ou des autres.
Il  y a bien eu en effet une norme académique qui « bloquait » aveuglément l’accord du participe avec le pronom en antéposé. Cette règle est rappelée sur le site du Projet Voltaire.
Elle était totalement arbitraire :  le pronom en n’a linguistiquement rien de « neutre » mais peut simplement être partitif. Devant la confusion permanente, la grammaire « de référence » qu’est le Grevisse a introduit la possibilité d’accorder lorsque le complément d’objet est dénombrable. Je joins l’extrait ad hoc de l’édition de 2018. C’est le cas pour votre exemple avec des marmottes.
Vous avez donc désormais le choix de l’accord, à l’ancienne ou normal, en attendant qu’une réforme générale de l’accord du participe passé avec l’auxiliaire avoir ne rationalise enfin tout cela…

De nos jours, la typographie avec traits d’union s’impose à tous les toponymes et cela quel que soit le contexte… ou presque.
Cette convention ne date en effet que de la toute fin du XVIIIe siècle, date jusqu’à laquelle on ne trouvait pas lesdits traits d’union. En exemple, le célèbre Atlas de Mercator de 1758 qui n’en utilise aucun.
Donc, y renoncer dans un ouvrage moderne revient à se référer à la dimension historique (pré-révolutionnaire) de la ville, ce qui peut être un choix légitime bien que surprenant.
NB Il serait incomplet de ne pas noter une forme intermédiaire qui est Saint-Jean de Luz. Si la première partie était perçue comme un nom propre autonome, la seconde apparaissait (comme dans de nombreux autres noms) comme un  simple complément géographique. Ce sont les réformes territoriales de la Révolution qui ont figé les entités administratives de manière uniforme.

La question pourrait paraitre superflue car de nos jours cette forme s’écrit essentiellement avec un pluriel.
Mais il ne s’agit que d’usage car la logique purement grammaticale pourrait tolérer aussi bien le singulier qui indique un type et non le nombre d’objets concernés.
C’était le cas plus fréquemment dans le passé. Peut-être est-ce l’origine de l’expression « avoir les deux pieds dans le même sabot »…