Ces yeux ! Je n’en avais jamais vu de semblables.

On laisse le participe invariable lorsqu’il y a « en » qui représente le COD ; ici « en » = yeux.

La question de l’accord avec le mot « en » antéposé à un verbe conjugué à un temps composé avec l’auxiliaire avoir est discutée, mais si la question est discutée, c’est parce qu’on considère trop souvent ce mot indépendamment de ses contextes variés. Le mot « en » a différents sens. On a pu le dire adverbe pronominal, pronom adverbial, pronom personnel. Sans doute peut-il être tout cela, c’est compliqué. Mais il est clairement pronom personnel dans votre phrase.

Le contexte de votre phrase est très précis. Un femme a des yeux. Le pronom personnel « en » est mis pour « des yeux », et même pour « deux yeux », « les yeux d’une femme », il a le genre et le nombre du nom qu’il reprend, à savoir masculin pluriel.
-> Je n’avais jamais vu des yeux aussi clairs. Je n’en avais jamais vus aussi clairs.
Vu quoi ? Vu « en » mis pour « des yeux ». Le pronom « en » est mis pour « des yeux ». On accorde le participe passé aux temps composés avec l’auxiliaire avoir avec le COD antéposé. Le COD antéposé est ici le pronom « en » mis pour « des yeux ». Il est masculin pluriel.
Que penseriez-vous de d’une juxtaposition d’un participe passé et d’un adjectif se référant au même antécédent et accordés différemment : « j’en ai vu bleus » ?

Accordez donc le participe passé.

Deux réponses différentes, mince, me voilà tout embêtée ! 😅