Quand on utilise un participe présent, « faisant, souhaitant… », il faut que le « référent », la personne qui est le sujet de ce participe soit directement le sujet de la proposition suivante (ou précédente). Par exemple, il est incorrect d’écrire « en vous souhaitant une bonne journée, vous pouvez me contacter à tout moment ». (car « vous » n’est pas le sujet de « souhaitant »). Ce qui implique que « en vous souhaitant / vous souhaitant une bonne journée, Cordialement », n’est pas une vraie phrase puisqu’il n’y a pas de verbe conjugué.
Dernière remarque, quand on rédigeait de vraies formules de politesse, j’avais appris que lesdites formules devaient se trouver dans une phrase à part et par conséquent, ne pouvait être précédée de « dans l’attente de votre réponse », affirmation par ailleurs un peu inutile.
Bref, tout cela pour dire que l’actuelle rédaction des mails n’est pas très formelle, que vous rencontrerez toutes sortes de choses et qu’il vaut mieux – comme vous le faites – questionner les usages plutôt que de les reproduire.
Donc, « Je vous souhaite une bonne journée. Cordialement »
me semble sans risque.

Pluviale,

Il est vrai que l’on finit par trouver tout et n’importe quoi dans les mails professionnels que nous recevons. Pourtant, il y a certaines règles d’or à respecter.
_ Pour la ligne d’appel, on attend une appellation, comme son nom l’indique, et non pas des salutations, encore moins un « bonjour » :
Madame / Monsieur, Paul, Chère Marie, Cher Monsieur Machin, Madame la directrice…

_ Dans le corps du message, qui doit être court et concis, un seul sujet abordé de préférence.

_ Enfin les salutations.
Les plus classiques :  Veuillez agréer mes salutations distinguées / mes cordiales salutations
Les plus courantes : Cordiales salutations / Bien cordialement
À noter que « Bien à vous » est à éviter (ne veut absolument rien dire).

Pour répondre à vos questions :

1 Dans l’attente de votre réponse, je vous souhaite une excellent journée + le « cordialement .
Il vaut mieux éviter « Dans l’attente de votre réponse« , votre destinataire sait bien que vous attendez sa réponse.
Avant les salutations, vous pouvez éventuellement poser une question « Qu’en pensez-vous / Quel est votre avis à ce sujet ? »
De plus, il est inutile de souhaiter une bonne journée, encore moins « excellente » (pourquoi pas « excellentissime » ?)
Vous ne savez pas quand votre destinataire ouvrira ce message, peut-être en pleine nuit ou plusieurs jours après son envoi.
La fin du mail professionnel est uniquement dédiée aux salutations.

2 Vous souhaitant une bonne continuation… » + bien cordialement…
Non, la tournure n’est pas correcte. Le participe présent n’a rien à faire ici.
De plus, il manquerait une seconde proposition avec le sujet : En disant ces mots, je m’aperçois que….
Et enfin, « bonne continuation » appartient au langage populaire, et ne veut pas dire grand chose concrètement.
Vous souhaitez à votre destinataire de bien continuer quoi ? À être celui qu’il est ? À faire ce qu’il fait ? Cela n’a pas de sens.

3 Vous souhaitant une excellente journée 
Idem que les deux précédentes, pour les mêmes raisons.
« Bien cordialement » est suffisant.
Ou alors, puisque vous ne savez pas quand votre courrier sera lu, pensez à toutes les éventualités :
« Bonne matinée, bon déjeuner, bon après-midi, bonne soirée, bonne semaine, bon week-end, bonnes vacances, et joyeuses fêtes, bien cordialement« .