Bonsoir,
c’est très compliqué de formuler un avis quand les phrases sont isolées, car le bon usage des temps s’apprécie aussi par rapport au fil général de l’histoire et au ton que l’on veut donner au récit. Essayons tout de même :

Séquence 1 :
La première phrase doit être conjuguée au plus-que-parfait pour marquer l’antériorité dans le passé  « …j’avais quitté la maison familiale. « Evitez  le  » Quelques années plus tôt » car on sait aussitôt après que c’était il y a trois ans, dites juste « Un jour…« , « Un matin… » ou rien du tout. L’imparfait « …je quittais…  » est mal approprié car cet évènement est ponctuel. On peut admettre le passé simple « …je quittai… » pour alléger le style. Comme vous précisez les dates, on comprend parfaitement l’antériorité, mais ensuite vous allez vous retrouver avec des formulations vieillottes du genre « vous allâtes « .
La deuxième phrase se construit ensuite de préférence à l’imparfait « Trois ans plus tard, je revenais.« , ce qui sous-entend aussi que ce retour va durer peut-être même jusqu’à aujourd’hui.  Mais on peut aussi utiliser le passé simple « Trois ans plus tard, je revins. » pour  souligner l’évènement particulier du retour et sans qu’on sache si cela a duré. Et le plus-que-parfait est également possible  « Trois ans plus tard, j’étais revenu. » si c’est à nouveau une situation du passé qui est antérieure à quelque chose qui va être raconté par la suite.

Séquences 2 et 3 : Vos suggestions  de plus-que-parfait comme de passé simple sont envisageables mais impossibles à analyser sans une lecture du texte plus globale. Tout dépend du déroulé de l’histoire, de l’ordre dans lequel elle est racontée et du temps principal  de narration que vous avez choisi.

Il n’est pas possible de vous donner une réponse directe.

Vous demandez s’il vaut mieux, pour un récit, employer le passé simple ou le plus que parfait.
La question est celle-ci : quels temps choisir pour un texte au système du passé.
On parle de système parce qu’on a une panoplie de temps à notre disposition. Pour n’en citer que quelques-uns (indicatif) : le passé simple, l’imparfait, le passé composé, le plus que parfait, le passé antérieur, le futur du passé.
Tous ces temps sont généralement employés les uns par rapport aux autres et un récit un peu long utilise presque toujours plusieurs de ces temps.
Pour faire simple : au centre (le point du passé choisi où se déroulent faits et événements : le passé simple (ou le passé composé qui le remplace parfois) – et l »imparfait (remarques, informations, descriptions, aspect sécant..)
Pour exprimer l’antériorité : les temps composés : PQP etPA.
Pour les projections vers le futur : le futur du passé et futur antérieur du passé (formes du conditionnel)
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Et donc, des passages entiers du récit peuvent être écrits au PQQ pour les faits et événements  (+ imparfait)- voire, pour un effet de style, un récit entier. mais ce temps donne une impression de retrait, manque de relief. Ce peut être un choix. Il faut que cela en soit un, sinon, c’est une maladresse.
Comparez :
Elle se leva très tôt ce matin-là, et se vêtit à la hâte. Il faisait encore nuit. Elle prit les documents qu’elle avait posé la veille sur la table et se mit à les feuilleter. Soudain on frappa à la porte.
Elle s’était levée très tôt ce matin-là, et s’était vêtue à la hâte. Il faisait encore nuit Elle avait pris les documents qu’elle avait posé la veille sur la table et s’était mise à les feuilleter. Soudain on avait frappé à la porte.

A vous de voir si vous avez besoin du PQP pour marquer l’antériorité de certains faits ou événements par rapport à d’autres (au passé-simple).

À la lecture de vos précieux commentaires, j’écrirai donc :

… j’avais quitté la maison. Trois plus tard, je revenais.

Il me proposa de m’apprendre, je saisis ma chance.

La maison entra dans ma vie…

Merci beaucoup

Bonjour. Merci à tous les deux d’avoir pris le temps de donner des réponses aussi complètes. J’espère en faire bon usage… Bon we