Mais ce qui n’était pas clair, ce sont les causes d’un autre acte terroriste horrible;
Cette phrase est incluse dans un récit. Or, il arrive souvent que le narrateur interrompe plus ou moins brièvement son récit pour faire part de ses réactions,pour expliquer…  ou pour commenter. C’est apparemment ce qui se passe ici et c’est la raison pour laquelle vous hésitez sur le temps à choisir.
Le temps du récit à proprement parler est au passé. Les commentaires eux, sont au présent du narrateur.
Exemple :
Après un tour de galerie, le jeune homme regarda tour à tour le ciel et sa montre, fit un geste d’impatience, entra dans un bureau de tabac, y alluma un cigare, se posa devant une glace, et jeta un regard sur son costume, un peu plus riche que ne le permettent en France les lois du goût.
Le narrateur évoque son présent d’où le temps du verbe « permettre » dans le récit qui lui, est au système du passé.
« 
que faire pour cette phrase ?
Il semble que vous devrez choisir entre le passé (situation des personnages) et le présent (situation du narrateur).
– garder le système du passé (ne pas quitter la situation des personnages) : Mais ce qui n’était pas clair, c’étaient les causes d’un autre acte terroriste horrible
ou bien
– abandonner un temps le récit (venir ponctuellement à la situation du narrateur) et adopter le système présent : Mais ce qui n’est pas clair, ce sont les causes d’un autre acte terroriste horrible
Les deux versions se justifient pleinement.

Remarque : c’est /ce sont est un présentatif. Il peut très bien apparaître au présent dans une phrase au passé (parce qu’il appartient au discours et donc au discoure du narrateur). Seulement ici il s’agit d’une reprise d’un premier présentatif au passé : ce qui n’était… >>> c’étaient : difficile de sauter d’un système de temps à l’autre.