En vertu de la féminisation des titres et des fonctions, c’est courant.
Voici ce que dit l’Académie :

Le mot « capitaine », a priori masculin, n’est pas un nom de métier, mais c’est souvent un nom de fonction, par exemple dans les sports collectifs, ou sur un bateau.
Un nom masculin exprimant une fonction, utilisé métonymiquement pour désigner une femme exerçant cette fonction, peut être féminisé, comme on le fait pour les métiers. Ainsi, pour la fonction de capitaine dans une équipe sportive, on entend et on lit très majoritairement : cette joueuse est la capitaine de l’équipe. Sur un bateau, le mot « capitaine » désigne aussi une fonction, et on peut le féminiser : ma mère est la capitaine de ce bateau, la capitaine de cet équipage… mais c’est dans ce cas moins fréquent (on utilise parallèlement le masculin, peut-être pour insister sur la fonction asexuée, plutôt que sur le sexe de la personne).
Il faut noter qu’inversement, les fonctions exprimées par des noms féminins ne peuvent pas encore être masculinisées, sauf parfois pour des raisons militantes, et on doit normalement conserver : ce soldat est une sentinelle.
Dans l’armée, le mot « capitaine » désigne plutôt un grade qu’une fonction, et les grades ne se féminisent pas. Dans cinq ans peut-être, on ajoutera les grades aux métiers et aux fonctions, mais cette possibilité n’est pas encore proposée. Pour être dans les clous, on doit continuer à dire au masculin : elle veut devenir sergent, elle veut devenir capitaine.
Dans quel contexte s’inscrit votre question ?
P.S. Dans dix ans, on s’apercevra peut-être que le mot masculin « capitaine » usurpe le « e » final, marqueur du féminin, et on le masculinisera pour les hommes : une capitaine, un capitain. Et ce sera effectivement je pense conforme à l’esprit de notre langue.