Je n’ai pas connaissance de connotation péjorative pour ce mot, en particulier s’il est employé dans un contexte historique. Le Wiktionnaire n’en donne pas non plus.
S’il y a un risque, c’est au rédacteur de s’en prémunir, en particulier en le précisant par une note (dans le texte, en bas de page).

Voici ce qu’en dit l’Académie :
MOUDJAHID Prononciation :(les deux d se font entendre) nom masculin (pluriel Moudjahidin ou Moudjahidines).
Étymologie :xxe siècle. Emprunté de l’arabe muujahid.
Pour les musulmans, celui qui prend part au djihad, ou guerre sainte.