Il avait dépassé le nombre autorisé d’heures hebdomadaires  de travail

D’abord : quel est le noyau du groupe nominal ?  C’est « le nombre ». Il faut donc organiser ses expansions autour de lui.
L’adjectif épithète  « autorisé » doit être  placé à côté : le nombre autorisé – il s’accorde avec ce nom.

La suite ne pose pas de problème  le nombre autorisé d’heures hebdomadaires de travail
De la même façon, on place l’adjectif épithète « hebdomadaires » à côté du nom dont il st l’expansion « heures »

Remarque : Les Groupes Prépositionnels « d’heures » et « de travail » se placent après les adjectifs

L’essentiel est que ce soit clair : on comprend que vous ne devez pas travailler plus que… heures. C’est mieux de préciser si c’est 25 ou 250.
Donc, il est inutile de discuter des … heures pour savoir si autorisé se rapporte à nombre ou à heures… Il s’agit d’un nombre d’heures et dans ce cas, les 2 accords son possibles, avec le nom ou son complément.
Donc choisissez entre vos possibilités et veillez à placer l’adjectif au bon endroit :

Il avait dépassé le nombre d’heures hebdomadaires autorisées de travail.
Il avait dépassé le nombre d’heures de travail autorisées par semaine.

Bonjour,
Quelle est la valeur sous contrôle ? Non pas une quantité, mais un ratio qui s’exprime en h/sem. C’est donc cette grandeur qui est autorisée : le nombre hebdomadaire ! La formulation la plus juste sera donc : « Il avait dépassé le nombre hebdomadaire autorisé d’heures de travail. » comme on dirait : « Elle vérifie le prix unitaire affiché des paquets de pâtes. »

On peut néanmoins s’en tenir au nombre dans l’absolu, considérant que ce n’est pas la moyenne  qui doit être respectée, mais la durée de travail de chaque semaine. Dans ce  cas , on pourra dire : « Il avait dépassé le nombre autorisé d’heures de travail hebdomadaires. »  L’adjectif hebdomadaire concerne en effet les heures de travail, les heures hebdomadaires n’ayant guère plus de sens que les minutes horaires.