Les emplois du subjonctif sont extrêmement nuancés.
Pour plus de clarté nous allons prendre un verbe du 3e groupe dans la subordonnée. C’est bien le verbe « comprendre dans la principale qui peut avoir une incidence sur le verbe de la subordonnée (quel qu’il soit : espérer, vouloir, prendre…)
1 Je comprends qu’elle veuille une deuxième chance .
2 Je comprends qu’elle veut une deuxième chance.
Les deux modes sont possibles dans la subordonnée, mais le sens diffère.
En 1 : l’information est : je comprends : c’est ce sur quoi porte principalement l’énoncé : l’attitude psychologique de l’énonciateur.  Le deuxième fait passe en second plan
En 2 : deux informations sont sur le même plan : -elle veut tenter sa chance + je comprends ce fait. Le verbe « comprendre » pourrait presque être remplacé par « j’entends » ou « je me rends compte »
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Bien sûr, la subordonnée mise au passé accepte aussi les deux modes avec la même nuance de sens.
1 Nous comprenons qu’elle voulût/eût voulu une deuxième chance.*
2 Nous comprenons qu’elle voulait/ a voulu une deuxième chance.
(Je peux expliquer le choix entre les temps simples et les temps composés de la subordonnée, si vous le désirez)
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*Comme les temps imparfait et plus que parfait  du subjonctif  tombent un peu en désuétude, on accepte le présent et le passé du subjonctif à la place —> veuille/ait voulu
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Évidemment avec le verbe espérer :

1 Nous comprenons qu’elle  espérât/eût espéré une deuxième chance. —>(qu’elle espère (mais perte d’une nuance car verbe du 1er groupe)/qu’elle ait espéré une deuxième chance.
2 Nous comprenons qu’elle  espérait/a espéré une deuxième chance.

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J’ai conscience que le jeu des temps est assez complexe (ici j’aurais pu écrire « soit assez complexe mais j’ai voulu affirmer la complexité autant que mon attitude mentale devant cette complexité :  conscience du fait). N’hésitez pas à poser d’autres questions si nécessaire.

Bonjour,

Nous comprenons qu’elle espère/ait éspéré… C’est admis.

Merci à tous les deux (et merci Tara pour cette explication très détaillée!).

En effet, c’est assez délicat de s’y retrouver… Entre les règles de la concordance, les nuances (importantes, au demeurant) de sens, et ces formes passées du subjonctif quelque peu poussiéreuses de nos jours…
Toute la difficulté est là : ces formes du passé, quoique correctes, détonnent au milieu d’un récit donnant l’avantage à des temps « simples » ; cette désuétude que vous évoquez les font paraitre dissonantes, étrangères, voire fautives, à nos oreilles.

En l’occurrence, cette phrase est issue d’un récit qui privilégie le subjonctif présent autant que possible.  Cependant, dans cette phrase, le subjonctif présent s’avère problématique, car on parle bien d’une protagoniste qui espérait (et n’espère plus, étant décédée depuis…)

L’autre gros hic, c’est l’impossibilité d’utiliser l’indicatif « espérait » après « comprenons que », étant donné que « comprendre que »  impose (me semble-t-il) le subjonctif lorsqu’il a le sens de « comprendre pourquoi ».

Je vais donc garder « nous comprenons qu’elle ait espéré », je pense (bien que cette forme me dérange un peu par la brièveté qu’elle suggère, alors que l’espérance dont il est question a perduré jusqu’à sa mort…).
Et je laisse de côté « nous comprenons qu’elle eût espéré » et « espérât », qui détonnent trop,  je pense, avec la tonalité générale du récit.