– « Penses-tu que sa remarque est fondée ? » la question porte sur un fait qui est reconnu comme faisant partie des croyances du destinataire (et peut-être aussi du locuteur).
– « Penses-tu que sa remarque soit fondée ? » la question porte sur une situation, la réalité du fait n’a jamais été établie  (dans l’esprit des interlocuteurs).
Il n’est pas vraiment facile d’expliquer la nuance entre les deux choix possibles : indicatif et subjonctif. Cela ne signifie pas qu’elle n’existe pas.

Penses-tu que sa remarque soit fondée ?
Emploi du subjonctif avec les verbes d’opinion dans des formes négative et interrogative.
Réponse : Forme affirmative ==> indicatif
Je pense qu’elle est fondée.

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