Théoriquement, si vous n’étiez pas au courant que votre directeur avait une réunion à l’heure où vous lui avez téléphoné, vous n’avez pas grand chose à vous reprocher.
S’il ne vous le reproche pas lui-même, inutile d’aller tendre le bâton pour vous battre.
Ma suggestion : n’écrivez rien.
S’il venait à revenir sur le sujet verbalement (mais il y a peu de risques qu’il le fasse), alors vous trouveriez sûrement la phrase qui conviendrait pour présenter vos excuses. Par exemple : « Je suis absolument désolé de vous avoir dérangé, j’ignorais que vous étiez en réunion. »

Voici un proverbe d’origine latine, qui vous rendra sûrement service bien souvent, et freinera un peu vos ardeurs d’écriture, quand cela ne s’impose pas :
« Les paroles s’envolent, les écrits restent ».

Je vous présente mes excuses pour vous avoir dérangé par mon appel téléphonique.