Il s’agit en effet d’une belle anomalie de la langue. Je vais essayer de « faire simple » pour l’expliquer…

Le mot français second vient du latin, plus précisément du verbe suivre (sequi ) .  Comme d’autres mots, pour des raisons phonétiques, le [k] s’est transformé durant le haut Moyen Âge (seconde moitié du premier millénaire) en [g] et le mot s’est couramment prononcé segun. Par exemple, le mot latin draco  est devenu dragon selon le même processus.
La coexistence des deux prononciations et graphies s’est poursuivie plusieurs siècles, temps pendant lequel le mot a été exporté en Angleterre avec la prononciation latine, avec le [k] qu’il a gardé jusqu’à nos jours.
En France, dans le cadre de la graphie appuyée sur l’étymologie, l’Académie a décidé de revenir sans variante à  second, la forme latine. Mais ce mot courant était déjà trop implanté avec la prononciation segon et celle-ci a finalement triomphé.
Pour d’autres raisons, seul le mot « zinc » voit sa prononciation différente de son écriture (mais avec des composés comme zingueur ou zingage).

Merci pour ce petit cour d’histoire relié à l’orthographe, on ne connait 
pas toutes ces bizzareries ! Obélix est tombé dans la potion magique, et vous Chambaron 
dans les encyclopédies 🙂 Bravo.