Je pense que ce sont les guillemets qui vous font douter. Sans eux, il n’y a pas de souci particulier : « Elles ont remporté à elles seules trois seconds prix. »
Les guillemets ne se justifieraient que pour un sens particulier (caché, ironique, figuré) mais ne changeraient pas l’accord. Sinon il s’agit d’un emploi habituel : les seconds prix sont attribués à X, Y et Z.

Merci beaucoup Chambaron pour votre retour.