Voilà les formulations correctes :
Il vient de chez Jacques : de la maison de Jacques.
Il en vient.

Vous ne donnez pas le contexte, ce qui ne nous facilite pas les explications.
Pour pouvoir vous répondre nous devons comprendre le sens que vous voulez donner au verbe venir dans  il vient de lui et à il en vient

– le pronom en est généralement réservé aux inanimés :
Veux-tu de ce pain ? – j’en veux.
Tu ne veux plus de ce garçon ? non, j ne veux plus de lui (et non : je n’en veux plus)

Cependant :  note sur la nature de l’antécédent de en. par le TLF :
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On a coutume de dire que le français moderne réserve les pronoms personnels lui, elle(s), eux pour représenter des personnes et restreint l’emploi de en à la représentation des choses.
[…] en s’emploie pour des pers. avec des verbes exprimant un sentiment, une sensation : Se plaindre de; avoir pitié de; être en peine de; s’éprendre de; raffoler de; être amoureux de, être fou de; être jaloux de […] avec des verbes exprimant un mouvement : s’approcher de, être près de; s’éloigner de; être loin de […] ainsi qu’avec d‘autres verbes : parler de; dire de; obtenir de; recevoir de, tirer de, s’occuper de, faire de.
Au XIII^e, Jean Sans Terre enlèvera, pour en faire sa femme, Isabelle de Lusignan (Michelet).
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–> le sens du verbe venir n’est pas clair dans votre phrase
Il vient de lui est correcte uniquement si venir signifie  provenir par héritage de
Ce vase vient de Jacques  > ce vase vient  vient de lui (on n’emploiera pas « en vient » ici)

Le verbe venir ne peut pas indiquer un mouvement avec une personne comme complément de lieu. en ce cas Joëlle vous propose : il vient de chez Jacques/de chez lui