Bonjour Tara,
Le subjonctif comme l’indicatif peuvent donc, dans ce cas de figure-ci, être tous deux corrects ?
Nous retiendrons ici aussi le contexte et ce que cherche à exprimer l’auteur ?

Je ne sais pas à quoi vous vous référez quand vous dites : ce cas de figure-ci.. à cause du « -ci », je comprends qu’il s’agit de la forme négative :
Je ne crois/pense/soupçonne pas qu’on l’ait donné / Je ne crois/pense/soupçonne pas qu’on l’a donné
En effet pour cette formulation, où  la principale est à la forme négative, on entend soit le subjonctif, soit l’indicatif, et ce n’est pas une erreur mais une nuance qui s’exprime. Mon assertion ne fait pas l’unanimité parce qu’on a appris que, etc.
Pourtant, à consulter un certain nombre d’articles sur le sujet (sur le subjonctif, mode passionnant parce qu’il reste encore, pour les spécialistes, à explorer) j’ai appris que, plus souvent qu’on ne pense, les deux modes sont acceptables. En ce cas particulier, c’est évidemment le cas. Pourquoi ?
Le subjonctif n’exprime pas le doute. Pourquoi aurait-on besoin d’une redondance  dans, par exemple : je ne pense pas qu’il soit venu. Je ne pense pas  exprime déjà le doute. D’ailleurs, on peut entendre par des locuteurs qui maîtrisent la langue  : je ne pense pas qu’il est venu.

Alors, où est la différence ?
A. Je ne pense pas qu’il est venu : le fait n° 2 est présenté, considéré, comme un fait donné, une réalité, qui est niée dans sa certitude (je ne pense pas)
B. Je ne pense pas qu’il soit venu : le fait n°2 est pris dans l’orbe d’une réflexion sur la possibilité ou non de la réalité du fait.
On a une différence d’aspect. Le contexte est généralement différent.
Exemple de contexte  :
Puisque Jean est venu il a dû voir qu’il manquait une chaise.
– je ne pense pas qu’il est venu, précisément… < le fait est nié
En B.
Je me demande si Jean est venu comme il l’avait dit
– je ne pense pas qu’il soit venu > le fait est mis en question

Voilà, Cocojade. Je ne peux pas aller beaucoup plus loin ici.