« Ici, nous avons affaire à un verbe essentiellement pronominal, c’est‑à‑dire qui n’existe que sous cette forme :…» ; dans cette phrase, la construction est en effet une proposition subordonnée relative introduite par le pronom relatif « qui » et liée à l’antécédent (verbe essentiellement pronominal).

« Ici, nous avons affaire à un verbe essentiellement pronominal, c’est‑à‑dire qu’il n’existe que sous cette forme :…» ; là, la construction est différente : « il » est le pronom qui reprend « verbe essentiellement pronominal »dans une proposition conjonctive.

Les deux possibilités sont correctes. Je préfère la construction avec la subordonnée relative.
Transposons :
– j’ai affaire à un problème épineux, c’est-à-dire qui est très difficile.
– j’ai affaire à un problème épineux, c’est-à-dire, qu’il est très difficile.

J’ai compris la différence.
D’abord, éliminons le cas où la subordonnée réfère  à autre chose que « verbe » dans mon exemple ou « problème »
dans le vôtre. Une seule solution, la conjonctive.  « J’ai affaire à un problème épineux, c’est-à-dire qu’il va être difficile de tenir les délais. »

Tout est dans le référent de « c’est-à-dire » (cad, abréviation non orthodoxe). Soit le cad explicite le terme ou l’expression précédente, et on aura une relative. Soit il explicite la proposition principale en son intégralité, et on aura une conjonctive.
• C’est un serpent au venin neurotoxique, cad qui paralyse les muscles.
• C’est un serpent au venin neurotoxique, cad qu’il fait partie des elapsidés.

Ah, je me sens mieux.