Passer est un verbe transitif et n’introduit pas une durée, un coût, etc.
Les (deux) heures que j’ai passées. 
Ce n’est pas le cas des verbes intransitifs accompagnés d’un complément de valeur, de prix, de poids, de distance, de durée, comme « valoir », « coûter », « mesurer », « marcher », « courir », « dormir », etc.

L’expression de grandeurs ou de mesures peut même être complément direct de verbes comme ajouter, calculer, couper, enlever, passer, prendre et supprimer. L’accord du participe passé se fait donc avec le complément s’il est placé avant.

Exemples :

–  Les 500 grammes de sirop d’érable qu’on a supprimés de la recette l’ont rendue plus santé.

–  Le coût du repas s’additionne aux six cents dollars que nous avions calculés pour la soirée.

–  Les deux jours que nous avons passés à écrire ce rapport ont été pénibles.

–  Les quinze minutes qu’on a ajoutées à la visite de la ministre lui ont permis de discuter avec les spécialistes.

Donc la bonne réponse serait celle-ci : « les deux heures que j’ai passées à écrire m’ont parues très longues »? On accorde passer avec « deux heures » car verbe transitif. Qu’en est-il du verbe paraître ? faut-il considérer « les deux heures comme COD » et « longues » comme CCT ? Comment sait-on si un verbe est transitif ou non ? Merci encore pour votre réponse

Les deux heures que j’ai passées m’ont paru ==> pas d’accord du PP « paru » avec le sujet à cause du verbe avoir.
Deux heures :  complément direct en effet
Longues : attribut du sujet « les deux heures » à cause du verbe attributif « paraître »

Jokkker a écrit : « les deux heures que j’ai passé à écrire m’ont paru très longues » ou « les deux heures que j’ai passées à écrire m’ont parues très longues » ?    (C’est moi qui souligne.)

Il ne s’agit donc pas de savoir si on doit accorder « passé » dans « les deux heures passé ». Il convient de savoir s’il faut accorder le p.p. « passé » dans « les deux heures que j’ai passé à écrire« .  La règle pertinente ici est donc celle qui s’applique dans le cas suivant : p.p. suivi d’un infinitif précédé de la préposition à.
J’ai rappelé cette règle (telle que formulée par le Bon usage) très récemment…

Bonne soirée !  🙂