Bonjour.
Remettre en question c’est se poser la question à nouveau sur une chose qui pose problème ou que l’on conteste. Question est au singulier.
Cordialement.

Remettre en question revient à contester un principe, une règle…
Les bacheliers ont remis en question le système de notation de l’épreuve de mathématique.
C’est donc bien la première proposition qui est la bonne.
Il convient de ne pas tout remettre en question!