Comme elle l’avait souhaité : accord avec le pronom neutre l’.

Bonjour
Si  l ‘ a  la valeur   de “cela”, le participe  reste  invariable.
on rajoute : Le participe passé qui a pour COD le pronom  l’  reste au masculin singulier , vu qu il est  jugé neutre .
Dans cette phrase :  Elle partit  comme elle l’avait souhaité (e)
on pose la question elle avait souhaité quoi? l’ = neutre
Donc on dit :   Elle partit comme elle  l’avait souhaité.

Virginie, en proposant le féminin, vous supposez que le pronom [l’] reprend le sujet « elle ». Ce qui n’est pas.

Elle partit  comme elle l’avait souhaité a le sens de :  elle partit d’une certaine façon  + elle avait souhaité partir de cette façon.
Ou encore : elle partit ainsi + elle avait souhaité de partir ainsi
Le pronom {l’] reprend donc un neutre  (la façon, la manière de partir) et ne représente pas « elle ».