Votre phrase est mal construite et un peu « lourde ».  « Pouvoir compter » est un peu redondant à la suite de « pouvoir être certain » ; Voici la formulation correcte.
Si je pouvais être certaine de compter sur cette présence.

Ou encore : si j’étais certaine de pouvoir compter sur cette présence…

Alors changeons de personne pour répondre sur le mode à employer:

Je me demande  si vous êtes certains qu’il peut compter sur cette présence ou si vous êtes certains qu’il puisse compter sur cette présence.
Les deux modes sont possibles.
Dans la première formulation, l’indicatif présente le fait comme intégré par « vous » et qu’on remet en question.
Dans la seconde formulation, le subjonctif pose d’emblée le fait comme un sujet auquel réfléchir, sans passer par les croyance de l’interlocuteur.

Comme souvent lorsque les deux modes sont possibles, la nuance est fine et les explications délicates.