Bonjour,

[…], on emploie aussi le subjonctif après les verbes , noms, adjectifs exprimant un sentiment de joie, de fierté, de crainte, de tristesse,  d’étonnement, de douleur:

Il était fier qu’on le traitât en homme.
Les serviteurs de Moloch s’étonnaient que le grand Hamilcar eût le coeur si faible.

D’après la concordance des temps, puisque le verbe de la principale est au passé( étaient étonnés) le verbe de la subordonnée doit être au subjonctif plus-que- parfait: eusse été
Il faut donc écrire:
Ils étaient étonnés que je n’eusse pas  été contacté par téléphone.

Il faut comprendre le subjonctif comme exprimant une action envisagée, au sens large, par opposition à l’indicatif qui, au présent, indique que le fait a lieu au moment où l’on parle (la terre tourne), et à l’imparfait, montre une action en train de se dérouler dans le passé (le soir tombait), ce n’est pas le cas ici : vous ne dites pas « je n’ai pas été contacté », mais plutôt « ils sont étonnés qu’on ne me contacte pas », ce n’est pas très net, mais l’action apparaît plus virtuelle, d’où l’emploi du subjonctif.
D’une manière générale, les propositions introduites parque se mettent au subjonctif : il est regrettable que vous ayez été absent. — Daniel se plaint que cet enfant soit difficie. (R. Martin du Gard).
Mettez votre exemple au présent, la formule « Ils sont étonnés que je ne « suis »  pas contacté par téléphone » ne marche pas, au contraire de « Ils sont étonnés que je ne sois pas contacté par téléphone », le subjonctif s’impose donc.
Il faut alors écrire : « Ils étaient étonnés que je ne fusse pas contacté par téléphone. »

Merci beaucoup pour vos explications!