En cas d’absence au cours,  je vous remercie de m’en informer et de me transmettre un justificatif, si vous en avez un.

Si un jour vous ne pouvez pas venir participer au cours et que vous avez un justificatif, je vous demande de me l’envoyer pour me mettre au courant de votre absence.

La conjonction « que » sert à reprendre une autre conjonction. Ici « si ».
Si un jour vous ne pouvez pas venir participer au cours et si vous avez un justificatif, je vous demande de me l’envoyer pour me mettre au courant de votre absence.
Il n’y a donc pas de raison d’utiliser le subjonctif, puisque « si » n’en demande pas.

Quand il pleut et que vous devez sortir… : ici « que » reprend « quand ».
Parce qu’il est en forme et qu’il a le temps … : « que » reprend « parce que ».

Quand la conjonction si exprime une interrogation indirecte, elle est répétée telle quelle (donc par si).
Dans les autres cas, si peut être répété ou repris par que.
Votre phrase est donc correcte.