Hélas non, il n’y a aucune méthode simple et l’on doit se débrouiller avec ce que l’on connait de l’usage oral. C’est pourquoi tant de mots moins courants ont des prononciations variables selon l’endroit ou le milieu.
Il y a beaucoup à dire sur les anomalies de ce type qui tiennent à la manière dont le français s’est fixé à l’écrit au fil du temps, privilégiant l’étymologie sur la correspondance des phonèmes avec les signes écrits. Mais ce n’est pas le lieu d’en débattre…
Sachez néanmoins que l’ancien français « mouillait » les n en les faisant précéder d’un i : montagne s’écrivait donc montaigne où le i n’était que graphique. Cela a créé des problèmes et l’Académie a fini par les supprimer (sauf le célèbre oignon) mais cela a soulevé d’autres hésitations.
La seule solution pérenne serait un signe graphique (dans l’esprit du tilde espagnol, le ñ ) permettant de fixer clairement la prononciation. Mais nous en sommes loin…

La BDL précise que ce sont surtout les mots savants où le « gn » se prononce en deux sons distincts comme dans gnome.
Une liste en est donnée (sans qu’il soit précisé si elle est ou non exhaustive).

• agnat
• agnathe
• agnosie
• agnostique
• cognation
• cognitif
• cognition
• diagnostic
• diagnostiquer
• gneiss
• gnète
• gnome
• gnomon
• gnose
• gnou
• magnum
• pignoratif
• prégnance
• prognathie
• pugnace
• sphagnales
• stagnant
• stagner
• syngnathe
• wagnérien

Entendu merci.