Il est bien un pronom personnel. Dans « Il y a », ce pronom est dit « impersonnel » car il ne désigne personne.
Toutefois, vous pouvez parfaitement dire et écrire « s’il y a du chocolat ».

Bonjour,

Le il de il y a est bien un pronom, en revanche, c’est un pronom impersonnel.

Pour des exemples d’usage de cette tournure, voir par exemple Larousse ou Wiktionnaire.

.
Et des exemples d’emplois de si + il y a :

hypothèse / condition
S’il y a trop de vent on ne pourra pas aller en mer.
S’il y a des endives au jambon au menu, je sens que les enfants vont faire la tête !
Il viendra uniquement s’il y a des endives au jambon au menu.

interrogation indirecte 
J’aimerais savoir s’il y a trop de vent.
Je me demande s’il y a des endives au jambon au menu.

 une opposition 
S’il y a des endives au jambon délicieuses, il y en a aussi d’immangeables.

Je me demande s’il y a du chocolat à l’intérieur = je me demande si il y a. On a une élision du « i » devant la voyelle « y », et c’est tout.
Je veux qu’il y ait du chocolat = je veux que il y ait du chocolat. Ici, on a élision du « e » de « que ».