Certaines personnes assimilent la pratique orthodoxe de l’islam à une radicalisation violente.
ou

….créent un amalgame entre pratique orthodoxe de l’islam et radicalisation violente.

Bonjour,
Votre syntaxe est correcte. Si cette formulation fait suite à l’exposé d’une situation, elle est tout à fait compréhensible. Si vous formulez directement une telle affirmation, il devient alors nécessaire de la contextualiser, par exemple comme vous le suggère Joëlle.