Bonjour,

Ah ! je n’avais pas vu que vous aviez reposé la question !  Je vous ai donné des éléments de réponse dans votre précédente question à ce sujet.
J’écrivais :
La différence de traitement est très certainement historique.
Mille vient du mot latin milia,  pluriel de mille (qui a donné mil). La forme plurielle  l’a généralement emporté dans l’usage tout en gardant la prononciation du singulier mil.
Une petite survivance : l’an mil, en  mil neuf cent deux. Mais, en deux mille dix-sept.

Quant à cent, il vient du latin aussi, du mot centum  qui était… invariable ! La règle de l’accord de vingt a été fixée par l’Académie en 1694 (à cette époque, l’usage du pluriel était flottant) et a été étendue à cent au cours du XVIIIe siècle.