Bonjour.

Dans les subordonnées complétives (ici : « qu’elle soit… »), le verbe se met à l’indicatif ou au subjonctif selon le sens du verbe de la principale.

Si le verbe de la principale (« pense ») exprime un jugement mais aussi une déclaration, une connaissance (dire, expliquer, savoir, croire…), le verbe de la subordonnée complétive se met à l’indicatif.

« je pense qu’elle est malade »

Mais si la phrase est à la forme interrogative ou négative, on peut utiliser soit l’indicatif, soit le subjonctif.

« penses-tu qu’elle est malade ? » ou « penses-tu qu’elle soit malade ? »

« je ne pense pas qu’elle est malade » ou « je ne pense pas qu’elle soit malade »

Mais si le verbe de la principale exprime la volonté, la crainte, le désir, le refus, le verbe de la complétive se met au subjonctif.

« Je veux qu’il vienne me voir. »

Cordialement.

Subjonctif car il y a une négation :
En français, il y a plusieurs nuances de doute et avec la négation, le doute est réputé plus important, donc le subjonctif s’impose.
Ne penses-tu pas qu’elle soit ….?
Je ne pense pas qu’elle soit…
Penses-tu que ce soit ?
Ou
Penses-tu que c’est ?