Qui… Est un pronom relatif sujet et ce n’est pas important pour le Cod.
Donc il faut écrire trouvé… Qui a pour Cod plusieurs suspects placé après.

Dans cette phrase, vous avez deux propositions : Une proposition principale : Les enquêteurs ont trouvé plusieurs suspects ; et une proposition relative : qui étaient sur place (dont l’antécédent est « les enquêteurs »).

Une fois ces deux propositions bien repérées, l’accord ne présente plus de difficulté :
Les enquêteurs ont trouvé plusieurs suspects : Les enquêteurs ont trouvé quoi ? Plusieurs suspects, COD placé après le verbe donc pas d’accord du participe passé.
qui étaient sur place : « Qui » est le sujet d’une autre  proposition, il n’intervient donc pas dans l’accord du participe passé « trouvé ».

Entre une réponse complètement idiote (celle de joelle) mais validée par un contributeur, qui mélange totalement les propositions, et une réponse assez bien argumentée et structurée (celle de Pascool) mais dénoncée par un contributeur, vous serez sans doute tentée de privilégier la fausse, mais c’est dommage.
Ne vous fiez pas aux votes, mais à l’argumentation. C’est Pascool qui dit vrai ici. Interrogez-le si vous avez un doute, il vous répondra. De façon générale, ses réponses sont bonnes. Il ne répond que quand il est sûr de lui, on peut se fier à ses réponses.