Bonsoir,
En effet, on peut considérer que ce sont les variétés qui sont connues, au nombre d’un millier, auquel cas l’ellipse du nom variétés dans la deuxième partie ne doit cependant pas effacer la préposition : un millier de variétés connues, un millier de connues. La phrase devient donc : « Admirez six belles variétés parmi plus d’un millier de connues. »
Si l’adjectif devait se rapporter directement au nombre, la préposition disparaitrait : « Admirez six belles variétés parmi plus d’un millier estimé. »
Avec connu, c’est assez ambigu, mais on peut admettre de le rapporter directement à millier : « Admirez six belles variétés parmi plus d’un millier connu. » [le millier connu de variétés / le millier de variétés connues]

Ce sont bien les variétés qui sont connues, pas le millier. L’ellipse du mot n’empêche pas l’accord.
Remplacez par un verbe qui fait entendre la différence : « Une belle erreur parmi le millier [d’erreurs] commises chaque jour. »
PS Sans entrer dans les détails (le sujet agite les grammairiens), on peut remarquer que la préposition de est ici explétive. On peut la mettre ou pas avant le participe (un millier connues ou un millier de connues). 

Un grand merci à chacun de vous pour vos réponses qui m’aident à y voir un peu plus clair !

Millier étant un nom masculin, comme million et milliard, l’adjectif « connu » s’accorde en genre et en nombre : … « un millier connu ».