Il n’y a pas lieu « normalement » de mettre de majuscule pour commencer une incise classique, qu’elle soit matérialisée par des virgules, des parenthèses, des tirets ou des crochets.
Ici, il s’agit de l’insertion d’une citation (une pensée), ce qui est différent. La typographie doit donc refléter cette spécificité et la majuscule en début de la citation en style direct s’impose, celle-ci pouvant être retranscrite par l’italique.
Exemple de rédaction : « Il allait pleuvoir toute la journée (Qu’allais-je faire ?,  je n’en avais aucune idée) et pourtant, j’étais d’humeur radieuse. »
Mais c’est une rédaction un peu tortueuse. On pourrait imaginer: « Il allait pleuvoir toute la journée (je n’avais aucune idée de ce que j’allais faire) et pourtant, j’étais d’humeur radieuse. »

Bonjour,

Merci pour votre réponse !

La phrase n’était qu’un exemple pour comprendre quelle règle appliquer lorsque, dans une parenthèse, il y a deux phrases séparées par une ponctuation finale.

La phrase 2 qui suit devrait commencer logiquement par une majuscule, mais cela me choque, puisque dans cette même parenthèse, la phrase 1 n’a pas de majuscule…

Autre exemple :

C’est un personnage indéfinissable (fille ou garçon ? Nous le saurons bientôt) qui est au centre de l’intrigue.

C’est un personnage indéfinissable (fille ou garçon ? nous le saurons bientôt) qui est au centre de l’intrigue.

Est-ce qu’une règle s’applique ici ?

Merci pour votre aide !