J’accorderais personnellement.
Voici ce que dit Larousse : Témoin reste invariable dans la locution prendre à témoin (= invoquer le témoignage de) : je vous prends tous à témoin.
En revanche, dans la locution prendre pour témoin, témoin s’accorde avec le complément : ils ont pris pour témoins deux employés de la mairie.

Ce n’est pas une question d’orthographe. Ce que vous voulez savoir, c’est si vous devez utiliser le mot ‘témoin’ au singulier ou au pluriel.
Ici le mot ‘témoin’ est certes un attribut du sujet, mais c’est d’abord un substantif, et un substantif ne s’accorde pas avec un autre substantif, ce sont deux mots indépendants. Vous avez bien fait de ne pas faire appel au verbe ‘accorder’, car il n’y a rien à accorder.
Vous voulez juste savoir si vos enfants sont le témoin ou les témoins. Cela peut dépendre de la phrase.
Pour des sens s’appliquant à une personne (un témoin de mariage, le témoin de la défense, les témoins d’un crime), on met le singulier ou le pluriel selon qu’il y en a un ou plusieurs.
Pour des sens non personnels (ces falaises sont le témoin d’un crime, on ne compte pas les sept falaises pour dire qu’il y a sept témoins), pour des sens abstraits (ces falaises sont le témoin de cent-mille ans d’histoire, dans le sens où elles pourraient témoigner), il n’existe aucune raison d’utiliser un pluriel.
Vous voyez que c’est assez simple quand il y a un article. Pour désigner des personnes, on fait l’équivalence ‘une personne = un témoin’, et plus abstraitement on conserve toujours le singulier.
Votre phrase est peut-être au croisement de ces deux sens (certes des personnes, mais qu’on ne considère pas forcément chacune comme étant un témoin individuel). C’est à vous de choisir.
Votre choix est fait ? Vous devez probablement écrire « que nos enfants en soient les témoins ».
Maintenant vous voulez vraiment à supprimer l’article ? pourquoi supprimer un article dans une phrase ? Pour des vieilles expressions datant d’une époque où on ne mettait pas d’articles ? Quoi que vous décidiez, faites comme s’il y avait un article : que les montagnes m’en soient (le) témoin ; que mon père et ma mère m’en soient (les) témoins.

La préconisation du Larousse est d’une monstrueuse bêtise. Le substantif ‘témoin’ n’est jamais invariable ; il s’écrit sans ‘s’ au singulier et avec un ‘s’ au pluriel. Veulent-ils dire qu’il s’utilise normalement au singulier ? Ils n’ont pas le pouvoir de décider de cela. Veulent-ils dire que dans cette construction sans article, le mot ‘témoin’ est un adjectif invariable quand il est utilisé sans article ? Oui, je viens de vérifier, c’est bien ce qu’ils disent, mais ils n’ont aucune autorité pour faire d’un substantif variable depuis des siècles un adjectif invariable depuis quelques années. En lisant les neuf sens qu’ils proposent, on ne trouve même plus la possibilité d’un substantif s’appliquant à un objet (ces pièces sont le témoin de…). Il ne faut accorder aucune confiance à Larousse, entreprise privée parmi d’autres, qui joue sur sa notoriété mais n’a aucune autorité pour transformer les substantifs en adjectifs, variables ou invariables.
réf : https://www.larousse.fr/dictionnaires/francais/t%C3%A9moin/77204