Il est correct d’écrire : on les sent affectés par…
L’objet de votre question : « on l’est affectés/on les sent affectés » m’amène à vous préciser ceci :
« Les » est ici un pronom personnel qui remplace (reprend) un nom masculin pluriel placé avant ce début de phrase (l’accord de votre participe passé « és « montre qu’il ne s’agit pas d’un nom féminin.
Ce pronom personnel est ici COD du verbe sentir.