Serait-il possible de vérifier si X n’a pas pris, par erreur, le crayon ?

La phrase est correcte. Il serait plus courant d’écrire : Serait-il possible de vérifier si X n’a pas pris le crayon par erreur ?
Séparer le COD (crayon) de son verbe crée toujours un effet.
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L’emploi de la forme négative est ici un procédé d’atténuation, qui renforce dans cette phrase deux autres procédés : la place de la locution adverbiale « par erreur » entre le verbe et le COD, et l’emploi d’un terme comme « vérifier ». (il s’agit de ne pas avoir l’air d’accuser).
Le conditionnel est encore un procédé d’atténuation par politesse cette fois pour son interlocuteur.

Je vous remercie pour votre réponse.