On ne peut pas parler de règle pour graphier les onomatopées, mal inarticulées par nature, trop nombreuses et souvent créatives. Au mieux peut-on émettre quelques recommandations pour des textes classiques (hors bandes dessinées) :
– pour les plus communes, utiliser les graphies courantes les plus simples (plouf, pschit, brr, clac, etc.). Inutile de multiplier les consonnes pour tenter d’améliorer l’expressivité. Trois d’affilée suffisent à donner le sentiment de durée (Grrr, Hummm, Pfff) ;
– utiliser un dictionnaire qui répertorie ces usages ;
– utiliser éventuellement  l’italique pour signaler le fait qu’il s’agit d’un bruit retranscrit et non d’un nom courant ;
– utiliser le cas échéant le point d’exclamation (mais avec italique ou guillemets).

Liste d’onomatopées sur Wikipédia