Lorsqu’il n’est pas déjà imposé par un article défini, le genre grammatical des toponymes est affaire d’usage. On constate donc des variations, qu’il s’agisse de villes, de pays, de régions. Il faut donc se référer aux sources les plus crédibles, locales lorsqu’elles sont francophones, officielles ou reconnues de référence.
Pour ce qui est de Mayotte, il semble y avoir consensus sur le féminin, adopté par le département, Le Monde ou Wikipédia par exemple.
Par ailleurs, les publications nombreuses au moment de la départementalisation ont clairement fait apparaitre la mention « Mayotte est devenue » le 101e département français (contre très peu de mentions au masculin).