Si vous voulez ponctuer à l’intérieur de votre phrase, il faut à mon avis isoler le complément circ. entre deux virgules.
Il se leva brutalement, en éprouvant un léger malaise, et se dirigea vers la cabine du pilote.

Voici une autre possibilité, mettant en valeur l’état de malaise :
En éprouvant un léger malaise, il se leva brutalement et se dirigea vers la cabine du pilote.

Il me semble que selon qu’on emploie ou non les virgules, le « en » semble vouloir disparaître :
Il se leva brutalement en éprouvant un léger malaise et se dirigea vers la cabine du pilote.
Il se leva brutalement,  éprouvant un léger malaise, et se dirigea vers la cabine du pilote.
Éprouvant un léger malaise, il se leva brutalement et se dirigea vers la cabine du pilote.

La virgule, en coupant le groupe au participe présent du verbe conjugué a tendance à transformer le gérondif, complément circonstanciel du verbe en participe présent, plus autonome et noyau d’une proposition.

Une nuance de sens en découle alors :  la simultanéité pour le gérondif se nuance plus nettement de cause avec le participe présent.