À partir du moment où limites est au pluriel, on accorde au pluriel :
« Les limites qu’il s’est données ».

Bonjour PMI38.

Donner est un verbe occasionnellement pronominal.
L’accord du participe passé se fait selon l’accord du participe passé construit avec avoir.
Remplacez être par avoir : il a donné QUOI ? des limites, placé avant l’auxiliaire donc accord avec ce COD : les limites qu’il s’est données.
« S' » est COI.